More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_4000 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  100 
 
 		 426 aa  844    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 439 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  46.32 
 
 		 400 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  45.69 
 
 		 427 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  43.5 
 
 		 432 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 427 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 425 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  44.3 
 
 		 431 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  44.56 
 
 		 442 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 411 aa  216  5e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 410 aa  216  9e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  35.87 
 
 		 411 aa  199  5e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  34.82 
 
 		 412 aa  200  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 412 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  48.17 
 
 		 410 aa  189  9e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  45.95 
 
 		 412 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 381 aa  186  5e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  34.79 
 
 		 417 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  34.47 
 
 		 393 aa  182  8.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  45.7 
 
 		 398 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  32.03 
 
 		 412 aa  179  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  43.37 
 
 		 413 aa  177  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  41.63 
 
 		 396 aa  176  7e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 405 aa  172  6.999999999999999e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 362 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 396 aa  169  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 387 aa  164  3e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  46.23 
 
 		 394 aa  157  3e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 411 aa  154  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 384 aa  153  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  45.9 
 
 		 411 aa  150  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 492 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 492 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 492 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  36.26 
 
 		 422 aa  107  3e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  32.81 
 
 		 508 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 492 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 492 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 631 aa  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 696 aa  106  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 492 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 454 aa  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  34.62 
 
 		 609 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  37.1 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 374 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  39.29 
 
 		 455 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 355 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 384 aa  104  4e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 352 aa  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  34.13 
 
 		 709 aa  103  7e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 352 aa  103  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 343 aa  102  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 642 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 380 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 490 aa  102  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 461 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0793  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 305 aa  102  2e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 360 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  35.87 
 
 		 367 aa  102  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  35.06 
 
 		 242 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  37.41 
 
 		 470 aa  101  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 341 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4694  diguanylate cyclase  33.21 
 
 		 492 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 332 aa  100  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  35.29 
 
 		 355 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 630 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0410  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 657 aa  100  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754716 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 378 aa  100  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 510 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  37.37 
 
 		 457 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 348 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 490 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.93 
 
 		 355 aa  100  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  36.02 
 
 		 337 aa  100  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 510 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 510 aa  100  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  36.36 
 
 		 564 aa  100  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  34.57 
 
 		 690 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  36.36 
 
 		 457 aa  99.8  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 498 aa  99.8  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 341 aa  99.8  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 492 aa  99  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 327 aa  99.4  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 559 aa  99  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  36.3 
 
 		 471 aa  99.4  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  37 
 
 		 355 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 492 aa  98.6  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  35.91 
 
 		 413 aa  98.2  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 645 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  29.66 
 
 		 603 aa  98.6  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 443 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.3 
 
 		 636 aa  99  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 443 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 476 aa  98.2  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  35.52 
 
 		 333 aa  97.8  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 510 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  36.78 
 
 		 288 aa  98.2  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  39.57 
 
 		 506 aa  97.8  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>