More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05730 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  83.29 
 
 		 412 aa  691    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  100 
 
 		 393 aa  815    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  49.23 
 
 		 412 aa  390  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  48.96 
 
 		 410 aa  372  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  34.37 
 
 		 413 aa  253  6e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 439 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  44 
 
 		 432 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 410 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 411 aa  211  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 427 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  33.59 
 
 		 411 aa  207  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  37 
 
 		 417 aa  206  8e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 427 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  36.77 
 
 		 400 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 381 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  33.08 
 
 		 412 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 425 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  47.66 
 
 		 405 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  35.88 
 
 		 431 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  35.26 
 
 		 396 aa  190  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 362 aa  189  8e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  42.64 
 
 		 442 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 398 aa  182  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  48.39 
 
 		 426 aa  178  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 412 aa  172  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 396 aa  171  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 384 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  47.46 
 
 		 387 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  49.72 
 
 		 411 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  42.99 
 
 		 394 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 411 aa  150  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  38.55 
 
 		 337 aa  109  8.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  33.33 
 
 		 337 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 332 aa  104  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.47 
 
 		 457 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 345 aa  101  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0415  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 392 aa  100  6e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  38.42 
 
 		 457 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 351 aa  99  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 615 aa  99.4  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 714 aa  99.4  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  36.36 
 
 		 339 aa  99  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 341 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  36.07 
 
 		 339 aa  98.6  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  35.63 
 
 		 341 aa  98.6  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 372 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 378 aa  98.2  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.49 
 
 		 325 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 339 aa  97.8  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  35.2 
 
 		 637 aa  97.8  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  37.91 
 
 		 461 aa  97.8  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.89 
 
 		 455 aa  97.8  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.51 
 
 		 550 aa  97.8  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 566 aa  97.4  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 343 aa  97.4  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 346 aa  97.1  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 341 aa  97.1  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.41 
 
 		 665 aa  96.7  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 490 aa  96.7  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  34.25 
 
 		 600 aa  96.3  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 530 aa  96.3  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 303 aa  96.3  8e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  37.63 
 
 		 328 aa  96.3  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 341 aa  96.3  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 341 aa  96.3  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  34.43 
 
 		 422 aa  95.9  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 532 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 341 aa  95.9  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 341 aa  95.9  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 341 aa  95.9  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 373 aa  95.5  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  35.39 
 
 		 355 aa  95.5  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 420 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  34.25 
 
 		 965 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35.56 
 
 		 346 aa  95.1  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 486 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 486 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.41 
 
 		 1079 aa  95.5  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 341 aa  95.5  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 486 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  36.78 
 
 		 341 aa  94.4  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.76 
 
 		 648 aa  94.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.16 
 
 		 466 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0579  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 368 aa  94.4  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 486 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.02 
 
 		 415 aa  94  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  34.39 
 
 		 457 aa  94  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 510 aa  94  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 339 aa  94  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 457 aa  94  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 340 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 517 aa  93.6  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 374 aa  93.6  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.63 
 
 		 638 aa  93.6  6e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 341 aa  93.2  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  36.56 
 
 		 385 aa  93.6  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 341 aa  93.2  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 471 aa  93.2  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 369 aa  93.2  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>