More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001599 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05578  hypothetical protein  59.06 
 
 		 650 aa  787    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  100 
 
 		 637 aa  1321    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 653 aa  187  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 651 aa  183  7e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  25.09 
 
 		 628 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 320 aa  132  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 323 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 339 aa  125  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  41.21 
 
 		 319 aa  125  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03282  hypothetical FOG: GGDEF domain protein  25.43 
 
 		 712 aa  124  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 357 aa  124  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  39.88 
 
 		 353 aa  123  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  37 
 
 		 275 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  37 
 
 		 235 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  39.33 
 
 		 461 aa  121  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 569 aa  120  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 318 aa  120  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.26 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 		 772 aa  118  3e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 350 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 650 aa  117  5e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 345 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 324 aa  117  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 324 aa  117  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 323 aa  117  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 324 aa  117  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 278 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 523 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 314 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  41.76 
 
 		 457 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  35.76 
 
 		 458 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 328 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 320 aa  115  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 661 aa  115  4.0000000000000004e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  41.18 
 
 		 529 aa  114  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 368 aa  115  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 1037 aa  114  4.0000000000000004e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  24.23 
 
 		 609 aa  114  4.0000000000000004e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  34.47 
 
 		 325 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 544 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 384 aa  114  5e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.3 
 
 		 570 aa  114  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.76 
 
 		 458 aa  114  7.000000000000001e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 324 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 578 aa  114  7.000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 309 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.88 
 
 		 550 aa  113  8.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 366 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  38.38 
 
 		 324 aa  113  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.11 
 
 		 496 aa  113  9e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 427 aa  113  9e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.98 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  35.83 
 
 		 460 aa  113  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 328 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.87 
 
 		 640 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 328 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 467 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 513 aa  113  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  39.75 
 
 		 516 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 298 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 298 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 471 aa  112  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  40.12 
 
 		 533 aa  111  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3677  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 524 aa  112  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  36.81 
 
 		 321 aa  112  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 359 aa  112  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 569 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 523 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  39.75 
 
 		 516 aa  110  5e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 526 aa  111  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.96 
 
 		 710 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 360 aa  110  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 417 aa  110  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.12 
 
 		 345 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2269  GGDEF family protein  36.2 
 
 		 312 aa  110  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0690454  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 417 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  36 
 
 		 392 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 532 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  43.27 
 
 		 308 aa  110  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 389 aa  110  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  37.2 
 
 		 345 aa  110  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 797 aa  110  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 472 aa  110  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 		 416 aa  110  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.68 
 
 		 638 aa  110  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  37.08 
 
 		 628 aa  110  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 591 aa  110  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3217  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 345 aa  110  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.201545  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.15 
 
 		 728 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 530 aa  109  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 408 aa  109  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 416 aa  109  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 540 aa  109  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.13 
 
 		 550 aa  108  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 316 aa  109  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 631 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 532 aa  109  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.91 
 
 		 325 aa  109  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>