More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03282 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03282  hypothetical FOG: GGDEF domain protein  100 
 
 		 712 aa  1455    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2310  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 718 aa  269  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2205  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 400 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  37.1 
 
 		 1526 aa  141  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 342 aa  128  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 650 aa  127  7e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.86 
 
 		 498 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 249 aa  125  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  25.43 
 
 		 637 aa  124  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 615 aa  124  5e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  41.04 
 
 		 671 aa  123  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1783  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 253 aa  122  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203678  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 659 aa  122  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 312 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 668 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 382 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 488 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40.78 
 
 		 493 aa  118  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 381 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.22 
 
 		 461 aa  117  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3131  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 464 aa  117  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 405 aa  117  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 505 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  26.87 
 
 		 651 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.08 
 
 		 415 aa  117  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 386 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 227 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 332 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 493 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 569 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 608 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 794 aa  116  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  33.61 
 
 		 489 aa  115  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 291 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 735 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 446 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 381 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 634 aa  115  3e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 457 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05578  hypothetical protein  23.2 
 
 		 650 aa  114  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 753 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  35.07 
 
 		 565 aa  114  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.1 
 
 		 455 aa  114  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.62 
 
 		 484 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 772 aa  114  7.000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  37.69 
 
 		 457 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  38.02 
 
 		 435 aa  114  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 507 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  35.27 
 
 		 443 aa  114  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.28 
 
 		 457 aa  114  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  38.46 
 
 		 273 aa  113  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 388 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 493 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  35 
 
 		 370 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  32.59 
 
 		 466 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 591 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 375 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 459 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  38.33 
 
 		 634 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 388 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 427 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 318 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  37.86 
 
 		 580 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 366 aa  113  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.94 
 
 		 457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  37.77 
 
 		 474 aa  112  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 417 aa  112  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 507 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 554 aa  112  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.97 
 
 		 901 aa  112  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 243 aa  112  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 417 aa  112  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.57 
 
 		 496 aa  112  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  38.59 
 
 		 391 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.71 
 
 		 345 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 438 aa  111  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  35.24 
 
 		 443 aa  111  4.0000000000000004e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  38.8 
 
 		 325 aa  112  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.9 
 
 		 316 aa  111  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 482 aa  111  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  36.82 
 
 		 301 aa  110  6e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 362 aa  110  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 476 aa  110  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2043  GGDEF domain-containing protein  37.3 
 
 		 289 aa  110  6e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 686 aa  111  6e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 316 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.68 
 
 		 457 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  37.78 
 
 		 308 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  38.55 
 
 		 565 aa  110  8.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 614 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.55 
 
 		 457 aa  110  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 360 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 309 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  36.13 
 
 		 430 aa  110  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 732 aa  110  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 583 aa  110  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 416 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 382 aa  110  9.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 487 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>