More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2205 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2205  diguanylate cyclase  100 
 
 		 400 aa  819    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  46.19 
 
 		 1526 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2310  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 718 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03282  hypothetical FOG: GGDEF domain protein  39.57 
 
 		 712 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  40.61 
 
 		 609 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  40.61 
 
 		 709 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 608 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1649  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 453 aa  130  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.103879  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 640 aa  127  4.0000000000000003e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  39.58 
 
 		 563 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 513 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 744 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 744 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  36.19 
 
 		 744 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 398 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.24 
 
 		 713 aa  121  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.24 
 
 		 704 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 555 aa  120  4.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  37 
 
 		 615 aa  119  6e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  38.04 
 
 		 391 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  37.06 
 
 		 311 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  36.5 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 256 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 345 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 701 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  34.93 
 
 		 650 aa  117  3.9999999999999997e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 744 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 300 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  37.76 
 
 		 756 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 467 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 313 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 313 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 282 aa  116  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  32.98 
 
 		 461 aa  116  8.999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 634 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 615 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.37 
 
 		 563 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 362 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3427  putative diguanylate cyclase (GGDEF)  39.44 
 
 		 368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 714 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 722 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.47 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  36.41 
 
 		 392 aa  114  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.67 
 
 		 783 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.96 
 
 		 1466 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  32 
 
 		 1057 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 370 aa  113  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.03 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 653 aa  113  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  40 
 
 		 226 aa  113  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  36 
 
 		 1099 aa  113  6e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 681 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.33 
 
 		 668 aa  113  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 309 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 510 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  36.65 
 
 		 430 aa  113  8.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.95 
 
 		 663 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.91 
 
 		 668 aa  112  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 611 aa  112  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 510 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  36.7 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  36.15 
 
 		 729 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 917 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 253 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 444 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.53 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 794 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 446 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 523 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 466 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.85 
 
 		 820 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 251 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.78 
 
 		 353 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  35.86 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.8 
 
 		 710 aa  110  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 460 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  31.86 
 
 		 415 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.17 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 580 aa  110  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 569 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 428 aa  111  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 601 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.82 
 
 		 434 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 556 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 659 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 485 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  31.82 
 
 		 726 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 653 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 426 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 235 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>