More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2310 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2310  diguanylate cyclase  100 
 
 		 718 aa  1483    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03282  hypothetical FOG: GGDEF domain protein  29.78 
 
 		 712 aa  268  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  38.71 
 
 		 1526 aa  180  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2205  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 400 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 335 aa  128  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 373 aa  121  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 314 aa  120  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  38.8 
 
 		 454 aa  116  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 659 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  24.59 
 
 		 609 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 1826 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.99 
 
 		 415 aa  115  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 631 aa  115  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 557 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.64 
 
 		 796 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  37.02 
 
 		 458 aa  114  8.000000000000001e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 354 aa  114  9e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.17 
 
 		 800 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  24.57 
 
 		 651 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 471 aa  113  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36.46 
 
 		 458 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 314 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.67 
 
 		 499 aa  113  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.17 
 
 		 796 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  36.54 
 
 		 485 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  35.19 
 
 		 273 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.88 
 
 		 728 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.18 
 
 		 322 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 732 aa  112  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 460 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 466 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.76 
 
 		 710 aa  112  3e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 		 305 aa  112  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  35.19 
 
 		 565 aa  111  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 461 aa  111  5e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 307 aa  111  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 172 aa  111  6e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.98 
 
 		 794 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0563  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.37 
 
 		 846 aa  110  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 485 aa  110  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  32.69 
 
 		 316 aa  109  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 532 aa  109  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.24 
 
 		 457 aa  109  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 574 aa  109  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  36 
 
 		 525 aa  109  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.78 
 
 		 802 aa  109  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.537501  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  32.23 
 
 		 435 aa  109  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 650 aa  109  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.69 
 
 		 578 aa  109  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 555 aa  108  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 316 aa  109  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  35.68 
 
 		 460 aa  108  3e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 532 aa  108  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 227 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 486 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 486 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 408 aa  108  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 646 aa  108  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 486 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  30.39 
 
 		 466 aa  108  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.51 
 
 		 693 aa  108  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 591 aa  108  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.04 
 
 		 796 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 486 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 764 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 316 aa  108  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 486 aa  107  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 386 aa  108  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 634 aa  107  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 764 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.27 
 
 		 301 aa  107  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  34.81 
 
 		 461 aa  107  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 457 aa  107  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 485 aa  107  7e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 764 aa  107  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 487 aa  107  8e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.85 
 
 		 355 aa  107  9e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  37.22 
 
 		 461 aa  107  9e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  37.22 
 
 		 456 aa  107  9e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  34.78 
 
 		 688 aa  107  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  35.36 
 
 		 315 aa  106  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.09 
 
 		 693 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  32 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000368  hypothetical protein  31.67 
 
 		 673 aa  107  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.508555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  32 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 1099 aa  106  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 493 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  35.45 
 
 		 588 aa  106  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3328  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 		 297 aa  107  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  32 
 
 		 466 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 303 aa  106  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.7 
 
 		 585 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 315 aa  106  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2709  two component signal transduction response regulator  35.03 
 
 		 429 aa  106  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  31.6 
 
 		 466 aa  106  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 735 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 758 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  23.14 
 
 		 637 aa  105  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 419 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 485 aa  106  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>