More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000368 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000368  hypothetical protein  100 
 
 		 673 aa  1376    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.508555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 659 aa  378  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  52.38 
 
 		 758 aa  130  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  43.06 
 
 		 628 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0758  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 404 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017578  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.33 
 
 		 772 aa  127  9e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  37.32 
 
 		 460 aa  127  9e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 764 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 764 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 466 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.67 
 
 		 610 aa  125  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 764 aa  125  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.41 
 
 		 407 aa  125  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 342 aa  124  7e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  48.12 
 
 		 342 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  48.12 
 
 		 342 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  29.35 
 
 		 628 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  48.12 
 
 		 342 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  23.71 
 
 		 631 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 636 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  45.26 
 
 		 368 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  24.52 
 
 		 646 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  24.52 
 
 		 646 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1423  diguanylate cyclase  45.8 
 
 		 424 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.231514 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  48.06 
 
 		 483 aa  122  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 357 aa  121  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4173  diguanylate cyclase  25.52 
 
 		 630 aa  120  7e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 540 aa  120  7.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 457 aa  120  9e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.76 
 
 		 586 aa  120  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 345 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 325 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  45.99 
 
 		 342 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 324 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  45.99 
 
 		 319 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  36.49 
 
 		 457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.19 
 
 		 557 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  47.73 
 
 		 325 aa  118  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 537 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 580 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1599  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 423 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 532 aa  118  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 464 aa  118  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  40 
 
 		 462 aa  117  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  45.26 
 
 		 342 aa  117  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 298 aa  117  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 650 aa  117  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 477 aa  117  6.9999999999999995e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  41.91 
 
 		 623 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 325 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  45.31 
 
 		 362 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 610 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  32.19 
 
 		 325 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  41.86 
 
 		 422 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 569 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.38 
 
 		 454 aa  116  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1318  diguanylate cyclase  44.96 
 
 		 424 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 312 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  32.19 
 
 		 325 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  41.06 
 
 		 385 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  44.62 
 
 		 460 aa  115  2.0000000000000002e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.96 
 
 		 792 aa  115  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 172 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  46.97 
 
 		 565 aa  116  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  39.6 
 
 		 609 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  46.46 
 
 		 565 aa  115  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  27.08 
 
 		 596 aa  115  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  44.96 
 
 		 321 aa  115  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 582 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  46.51 
 
 		 443 aa  115  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  46.77 
 
 		 498 aa  115  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  42.96 
 
 		 347 aa  115  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  44.96 
 
 		 424 aa  115  4.0000000000000004e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  43.61 
 
 		 506 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.73 
 
 		 550 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 1774 aa  114  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 539 aa  114  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 431 aa  114  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.09 
 
 		 469 aa  114  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 439 aa  114  5e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  45.11 
 
 		 320 aa  114  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.46 
 
 		 512 aa  114  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.94 
 
 		 367 aa  114  5e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  40.15 
 
 		 318 aa  114  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  31.3 
 
 		 477 aa  114  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  32.2 
 
 		 474 aa  114  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4018  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 311 aa  114  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.57 
 
 		 415 aa  114  7.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  44.27 
 
 		 324 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 525 aa  114  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 343 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  25.92 
 
 		 600 aa  114  8.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.53 
 
 		 310 aa  113  9e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  35.38 
 
 		 457 aa  113  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>