More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1056 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  100 
 
 		 580 aa  1135    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 628 aa  349  1e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 632 aa  254  4.0000000000000004e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 591 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  47.06 
 
 		 297 aa  205  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.06 
 
 		 841 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.992809  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  30.85 
 
 		 585 aa  183  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  31.28 
 
 		 585 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 599 aa  179  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 572 aa  179  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.63 
 
 		 464 aa  144  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 494 aa  136  9e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 517 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 372 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 494 aa  134  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 459 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  44.16 
 
 		 596 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 342 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 405 aa  131  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 382 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.53 
 
 		 663 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  36 
 
 		 320 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  47.56 
 
 		 395 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  46.95 
 
 		 395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 396 aa  128  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 510 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 381 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 510 aa  127  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 659 aa  127  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  47.59 
 
 		 544 aa  127  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1686  diguanylate cyclase  47.7 
 
 		 394 aa  127  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.999235 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.54 
 
 		 917 aa  127  6e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 362 aa  127  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 610 aa  127  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2018  diguanylate cyclase  47.7 
 
 		 386 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.753639  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  34.85 
 
 		 372 aa  127  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 513 aa  126  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 		 668 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  49.08 
 
 		 318 aa  126  9e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 539 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  39.3 
 
 		 353 aa  126  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 		 668 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  42.26 
 
 		 609 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  42.26 
 
 		 709 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 585 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 490 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.53 
 
 		 415 aa  125  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.59 
 
 		 1073 aa  125  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.67 
 
 		 320 aa  125  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 507 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 540 aa  125  3e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 714 aa  125  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 492 aa  125  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 278 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 388 aa  125  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 492 aa  125  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  40 
 
 		 389 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 485 aa  124  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.41 
 
 		 457 aa  124  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 510 aa  124  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 526 aa  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 389 aa  123  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 492 aa  123  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 537 aa  123  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  32 
 
 		 316 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 501 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 		 642 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 393 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  36.55 
 
 		 987 aa  122  1.9999999999999998e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 389 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.05 
 
 		 628 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 389 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 403 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  39.41 
 
 		 443 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 389 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 471 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 466 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.57 
 
 		 681 aa  122  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 554 aa  121  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 432 aa  122  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 492 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 377 aa  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 640 aa  121  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 516 aa  121  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 648 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 360 aa  121  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 387 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 386 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 370 aa  121  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  40.84 
 
 		 568 aa  121  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 408 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 460 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  38.42 
 
 		 712 aa  121  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 659 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 310 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4045  diguanylate cyclase  43.85 
 
 		 492 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 620 aa  121  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  39.84 
 
 		 416 aa  120  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>