More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3994 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  100 
 
 		 297 aa  589  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 580 aa  214  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 628 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 632 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5789  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.86 
 
 		 841 aa  171  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.992809  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 585 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 591 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  36.03 
 
 		 585 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 572 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 599 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 416 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.78 
 
 		 407 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 621 aa  125  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3013  diguanylate cyclase  40.07 
 
 		 439 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.655634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 917 aa  125  7e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 471 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.3 
 
 		 667 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 539 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 362 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3574  diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 261 aa  122  5e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.319685  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  43.82 
 
 		 494 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 537 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3368  periplasmic sensor diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 439 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.778826  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2182  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 345 aa  122  8e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.998339  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 612 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  45.09 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1435  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 523 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0426  putative GGDEF protein  36.99 
 
 		 413 aa  121  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.631508  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.62 
 
 		 628 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 578 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 436 aa  122  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 610 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 469 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 631 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  45.3 
 
 		 402 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  42.65 
 
 		 454 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 625 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 625 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 625 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 405 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  35.11 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40 
 
 		 486 aa  119  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 		 485 aa  119  7e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 482 aa  119  7.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 556 aa  119  7.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 576 aa  119  9e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  42.46 
 
 		 398 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002693  putative GGDEF family protein  35.85 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 446 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 		 642 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0092  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 577 aa  117  1.9999999999999998e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 624 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 		 461 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  44.64 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  41.15 
 
 		 600 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1992  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.216528  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 866 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 457 aa  118  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 345 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 625 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.63 
 
 		 415 aa  117  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  43.35 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 460 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  31.52 
 
 		 578 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 583 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 592 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0509  PAS:GGDEF  37.27 
 
 		 719 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 351 aa  116  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.15 
 
 		 512 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 556 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 422 aa  115  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 314 aa  115  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.7 
 
 		 994 aa  115  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  43.18 
 
 		 355 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 469 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  33.77 
 
 		 372 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 487 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 628 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  42.44 
 
 		 448 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 503 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 351 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 621 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>