More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4052 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4052  diguanylate cyclase  100 
 
 
416 aa  834    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.498255  normal  0.0995443 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  40.29 
 
 
410 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.48 
 
 
459 aa  143  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  45.55 
 
 
612 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  39.04 
 
 
583 aa  139  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  24.94 
 
 
415 aa  139  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  42.39 
 
 
312 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.71 
 
 
710 aa  139  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  26.43 
 
 
424 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.25 
 
 
794 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.79 
 
 
917 aa  138  2e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  41.86 
 
 
796 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.97 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  41.95 
 
 
323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  43.21 
 
 
486 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  43.21 
 
 
486 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  43.21 
 
 
486 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  26.44 
 
 
422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  42.59 
 
 
486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 
800 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.98 
 
 
796 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 
796 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.8 
 
 
949 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  36.49 
 
 
339 aa  133  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
498 aa  133  6e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
354 aa  132  9e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.25 
 
 
796 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.35 
 
 
354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3994  GGDEF  37.23 
 
 
297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000430397  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  32.35 
 
 
565 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  41.98 
 
 
485 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  43.78 
 
 
291 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  38.55 
 
 
518 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  38.55 
 
 
518 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.73 
 
 
550 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  42.11 
 
 
466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  38.55 
 
 
518 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  38.55 
 
 
518 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.11 
 
 
460 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  46.96 
 
 
413 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  40.84 
 
 
281 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  43.48 
 
 
559 aa  129  9.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  43.45 
 
 
487 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3467  diguanylate cyclase  41.52 
 
 
284 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.24 
 
 
631 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 
424 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.54 
 
 
313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.54 
 
 
313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  42.29 
 
 
457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.54 
 
 
324 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.54 
 
 
313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
464 aa  128  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
1004 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  32.36 
 
 
722 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.91 
 
 
466 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  39.01 
 
 
361 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  41.71 
 
 
457 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.76 
 
 
742 aa  127  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  37.16 
 
 
631 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 
671 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  38.3 
 
 
340 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  34.47 
 
 
559 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.46 
 
 
312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  31.27 
 
 
574 aa  127  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
326 aa  127  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.27 
 
 
485 aa  126  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  37.3 
 
 
518 aa  126  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  37.35 
 
 
518 aa  126  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  34.08 
 
 
530 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
518 aa  126  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
518 aa  126  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.14 
 
 
278 aa  126  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.4 
 
 
469 aa  126  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.19 
 
 
316 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.46 
 
 
312 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
518 aa  126  9e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  45.56 
 
 
507 aa  126  9e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  38.3 
 
 
340 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 
389 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.22 
 
 
512 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  39.16 
 
 
486 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.13 
 
 
457 aa  125  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.05 
 
 
336 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.55 
 
 
314 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  40.86 
 
 
332 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  46.67 
 
 
312 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
514 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
485 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
518 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0303  GGDEF family protein  43.4 
 
 
554 aa  125  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 
646 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
518 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 
668 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  41.57 
 
 
457 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  38.25 
 
 
588 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  39.84 
 
 
580 aa  125  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  35.5 
 
 
316 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  38.3 
 
 
340 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 
454 aa  125  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>