More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05578 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05578  hypothetical protein  100 
 
 		 650 aa  1342    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  59.06 
 
 		 637 aa  787    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2580  diguanylate cyclase  28.03 
 
 		 653 aa  210  6e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  28.9 
 
 		 651 aa  208  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  38.22 
 
 		 353 aa  124  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 569 aa  123  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 314 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 345 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 650 aa  120  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2174  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 467 aa  120  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 278 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 460 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  39.11 
 
 		 325 aa  118  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  25.85 
 
 		 604 aa  118  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 357 aa  118  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.89 
 
 		 308 aa  117  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 466 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  37.85 
 
 		 235 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  32.93 
 
 		 275 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  24.6 
 
 		 609 aa  116  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  26.53 
 
 		 626 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 318 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.87 
 
 		 772 aa  115  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 350 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03282  hypothetical FOG: GGDEF domain protein  23.2 
 
 		 712 aa  115  3e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 539 aa  114  6e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 427 aa  114  6e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 323 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 496 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 355 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 354 aa  113  9e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.46 
 
 		 843 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 318 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 316 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 324 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 324 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.67 
 
 		 325 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 324 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.46 
 
 		 319 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 298 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0610  diguanylate cyclase  32.75 
 
 		 275 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000115231  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 343 aa  112  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 472 aa  112  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.36 
 
 		 640 aa  112  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 503 aa  112  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 321 aa  112  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 309 aa  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  36.52 
 
 		 422 aa  111  4.0000000000000004e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.76 
 
 		 570 aa  111  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 661 aa  110  6e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 603 aa  110  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  39.89 
 
 		 454 aa  110  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.71 
 
 		 550 aa  110  7.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 343 aa  110  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.72 
 
 		 457 aa  110  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34 
 
 		 550 aa  110  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  40 
 
 		 946 aa  110  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 323 aa  110  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 		 416 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 376 aa  110  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 320 aa  110  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4204  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.26 
 
 		 771 aa  110  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 301 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 640 aa  110  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 339 aa  110  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 392 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 464 aa  109  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 1037 aa  109  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 360 aa  109  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 569 aa  109  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 544 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  33.04 
 
 		 533 aa  108  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0415  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 392 aa  108  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 380 aa  108  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 513 aa  108  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  35.15 
 
 		 325 aa  108  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 263 aa  108  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 392 aa  108  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 488 aa  108  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 303 aa  108  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 387 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  40 
 
 		 342 aa  108  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  35.2 
 
 		 234 aa  108  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0294  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 504 aa  108  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166805  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  31.3 
 
 		 628 aa  108  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 462 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 384 aa  107  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  34.64 
 
 		 428 aa  107  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 378 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 384 aa  108  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 247 aa  107  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 501 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 462 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.76 
 
 		 609 aa  107  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 492 aa  107  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 384 aa  107  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.07 
 
 		 418 aa  107  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.06 
 
 		 638 aa  107  9e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 1826 aa  107  9e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>