More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0131 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  88.52 
 
 		 392 aa  707    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  100 
 
 		 392 aa  784    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0525  GGDEF family protein  47.3 
 
 		 391 aa  357  1.9999999999999998e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3603  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 381 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.943579  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 409 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 411 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  44.79 
 
 		 411 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  39.92 
 
 		 381 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  39.92 
 
 		 381 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.93 
 
 		 827 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 386 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  33.53 
 
 		 402 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 467 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 460 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 469 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  38.52 
 
 		 377 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 467 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 632 aa  125  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 469 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  45 
 
 		 377 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 417 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 540 aa  124  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 513 aa  123  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 417 aa  123  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 467 aa  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 363 aa  123  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 416 aa  123  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 385 aa  123  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  45.35 
 
 		 318 aa  122  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 261 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 611 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 722 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 405 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1813  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 542 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.7 
 
 		 531 aa  122  1.9999999999999998e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 531 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.76 
 
 		 609 aa  120  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  40.86 
 
 		 709 aa  120  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  40 
 
 		 570 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 1037 aa  120  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  40.74 
 
 		 489 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  46.25 
 
 		 568 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 472 aa  120  6e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 559 aa  119  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 373 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 388 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  39.23 
 
 		 476 aa  118  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.79 
 
 		 455 aa  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  31.08 
 
 		 422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  43.21 
 
 		 533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 388 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 696 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 653 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  40.08 
 
 		 351 aa  117  3e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 545 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4959  diguanylate cyclase  29.6 
 
 		 354 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.179086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.96 
 
 		 1000 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  42.59 
 
 		 570 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 298 aa  117  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  42.59 
 
 		 570 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  42.59 
 
 		 570 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  42.59 
 
 		 570 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  30.59 
 
 		 418 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  42.59 
 
 		 570 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 640 aa  116  5e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 532 aa  117  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 356 aa  116  6e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 438 aa  116  6e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 645 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 317 aa  116  6e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 382 aa  116  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 464 aa  116  6e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 499 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 489 aa  116  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1091  diguanylate cyclase  40 
 
 		 653 aa  116  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00555182 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 480 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  38.65 
 
 		 520 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 517 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 227 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 457 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 680 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 532 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 220 aa  115  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 564 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.98 
 
 		 1079 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4872  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000065621  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4907  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0301785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4965  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00367568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1864  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 457 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  0.121309 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 409 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>