More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C2204 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  66.01 
 
 
564 aa  805    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  56.68 
 
 
564 aa  655    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  100 
 
 
570 aa  1175    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  99.82 
 
 
570 aa  1173    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  66.01 
 
 
564 aa  808    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1077  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  65.47 
 
 
558 aa  795    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734609  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  100 
 
 
570 aa  1175    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  65.84 
 
 
564 aa  802    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  66.19 
 
 
558 aa  800    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  99.82 
 
 
570 aa  1172    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  100 
 
 
570 aa  1175    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2187  diguanylate cyclase  66.01 
 
 
558 aa  799    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000194525  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  27.12 
 
 
587 aa  168  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  26.48 
 
 
584 aa  154  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
339 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
405 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 
430 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  25.79 
 
 
586 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  41.92 
 
 
296 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  36 
 
 
411 aa  130  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 
469 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.6 
 
 
360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  39.33 
 
 
451 aa  128  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  35.5 
 
 
411 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  35.41 
 
 
413 aa  128  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  41.08 
 
 
267 aa  127  5e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  39.6 
 
 
401 aa  127  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
482 aa  126  9e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
261 aa  126  9e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
471 aa  126  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  40.36 
 
 
415 aa  126  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  36.5 
 
 
410 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 
381 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.48 
 
 
827 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  33.64 
 
 
571 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  28.49 
 
 
422 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  38.55 
 
 
426 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  32.57 
 
 
487 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.14 
 
 
917 aa  125  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  41.77 
 
 
243 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.84 
 
 
457 aa  125  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  36.82 
 
 
379 aa  124  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
650 aa  124  4e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  41.32 
 
 
556 aa  124  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  35.26 
 
 
661 aa  124  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
359 aa  124  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  39.43 
 
 
381 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  41.82 
 
 
427 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 
364 aa  123  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  35.96 
 
 
411 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
611 aa  123  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  36.02 
 
 
363 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  41.46 
 
 
460 aa  122  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  38.01 
 
 
482 aa  122  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  40.99 
 
 
363 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  35.12 
 
 
396 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.8 
 
 
407 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.16 
 
 
498 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  38.95 
 
 
548 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2518  diguanylate cyclase  37.87 
 
 
500 aa  121  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.784165 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.71 
 
 
769 aa  121  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  43.86 
 
 
459 aa  121  3.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  37.5 
 
 
301 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  40.85 
 
 
443 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  39.64 
 
 
646 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
483 aa  120  6e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  36.41 
 
 
525 aa  120  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.87 
 
 
540 aa  120  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  39.01 
 
 
582 aa  120  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  43.83 
 
 
604 aa  120  6e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  36.32 
 
 
389 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 
337 aa  120  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  38.24 
 
 
659 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1404  diguanylate cyclase  36.93 
 
 
390 aa  120  7.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  38.54 
 
 
681 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.29 
 
 
772 aa  120  9e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  35.98 
 
 
559 aa  120  9e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  41.1 
 
 
650 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.49 
 
 
319 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.78 
 
 
457 aa  120  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  39.23 
 
 
425 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 
314 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  36.05 
 
 
1339 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40 
 
 
464 aa  119  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  40.61 
 
 
235 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  38.67 
 
 
499 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.98 
 
 
704 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  39.75 
 
 
431 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  32.74 
 
 
494 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  42.01 
 
 
592 aa  118  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 
385 aa  118  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
539 aa  118  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  35.68 
 
 
389 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  34.63 
 
 
496 aa  118  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  35.56 
 
 
331 aa  118  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  35.68 
 
 
389 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  38.32 
 
 
382 aa  118  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  35.68 
 
 
389 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  43.67 
 
 
318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  36.7 
 
 
537 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>