More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0525 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0525  GGDEF family protein  100 
 
 		 391 aa  785    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  49.07 
 
 		 392 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  47.3 
 
 		 392 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3603  diguanylate cyclase  35.28 
 
 		 381 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.943579  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 		 827 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 384 aa  124  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 469 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 409 aa  122  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  34.28 
 
 		 384 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 436 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 360 aa  121  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 460 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  32.24 
 
 		 402 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  42.77 
 
 		 533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 623 aa  117  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  40.32 
 
 		 411 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 409 aa  116  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 469 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  42.77 
 
 		 520 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 513 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 411 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 339 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  39.08 
 
 		 973 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 381 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 572 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 381 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.08 
 
 		 818 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 384 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4086  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.66 
 
 		 820 aa  113  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.81 
 
 		 457 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 532 aa  112  8.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  30.49 
 
 		 640 aa  112  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 		 531 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 		 578 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 611 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  41.24 
 
 		 457 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 359 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 532 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.88 
 
 		 818 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 578 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.06 
 
 		 730 aa  110  5e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 631 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 377 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 332 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 		 466 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 393 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 		 454 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  42.33 
 
 		 457 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  31.41 
 
 		 388 aa  108  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 		 454 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.41 
 
 		 464 aa  108  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 1339 aa  108  2e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 680 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  34.48 
 
 		 420 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  37.35 
 
 		 489 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 220 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 457 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 392 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2643  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 470 aa  107  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.55 
 
 		 625 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 395 aa  107  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 686 aa  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 312 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 490 aa  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 457 aa  107  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 464 aa  106  5e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  39.62 
 
 		 628 aa  106  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 247 aa  106  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.89 
 
 		 1000 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 410 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 363 aa  106  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 566 aa  106  9e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  40.24 
 
 		 419 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  39.24 
 
 		 422 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 384 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 493 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  37.16 
 
 		 641 aa  105  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 396 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.77 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 557 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0948  diguanylate cyclase  28.9 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 612 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 320 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 399 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 438 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 345 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 		 594 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 313 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 391 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 		 324 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>