More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4164 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  100 
 
 		 384 aa  749    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  73.44 
 
 		 384 aa  526  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  60.48 
 
 		 383 aa  382  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  56.46 
 
 		 403 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  55.73 
 
 		 405 aa  376  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  55.73 
 
 		 405 aa  376  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  52.51 
 
 		 384 aa  353  4e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  39.34 
 
 		 415 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 411 aa  176  6e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  31.56 
 
 		 413 aa  176  7e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 409 aa  176  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  33.77 
 
 		 411 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  35.49 
 
 		 410 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  33.25 
 
 		 440 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 411 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 395 aa  146  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 395 aa  146  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1337  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 427 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.387993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 385 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 385 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 405 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  30.87 
 
 		 531 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 393 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5469  GGDEF  33.07 
 
 		 419 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  32 
 
 		 409 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 373 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 403 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 385 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  28.07 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  28.27 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 392 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 401 aa  127  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 317 aa  126  6e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 397 aa  126  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 389 aa  126  7e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  31.2 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  31.17 
 
 		 413 aa  123  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  26.97 
 
 		 407 aa  124  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  31.7 
 
 		 380 aa  122  9e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0525  GGDEF family protein  34.28 
 
 		 391 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 383 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2239  diguanylate cyclase  30.22 
 
 		 388 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.942581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 363 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.34 
 
 		 563 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  31.73 
 
 		 385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4247  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 395 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.897549 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0985  GGDEF family protein  33.33 
 
 		 392 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 425 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 490 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 1774 aa  116  5e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5646  diguanylate cyclase  30.1 
 
 		 399 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.515019  normal  0.418134 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  29.72 
 
 		 433 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 357 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  38 
 
 		 360 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1435  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 247 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 519 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1938  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 419 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 680 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.89 
 
 		 312 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3919  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 406 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.556135 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 390 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2262  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0475991  normal  0.424115 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 202 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  26.72 
 
 		 402 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 578 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  46.01 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 628 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4287  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 409 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0539284  normal  0.0529448 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  31.4 
 
 		 420 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 492 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1181  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 482 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 313 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 347 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 313 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 628 aa  113  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  37.55 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 469 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 220 aa  113  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 357 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 417 aa  113  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 513 aa  113  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1604  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 370 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.54116  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  32.01 
 
 		 395 aa  113  7.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  48.28 
 
 		 386 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 486 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 555 aa  112  8.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 391 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 585 aa  112  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  36.19 
 
 		 402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.26 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 312 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 587 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>