More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0233 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  100 
 
 		 373 aa  752    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 380 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  30.95 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  32.71 
 
 		 413 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  32.64 
 
 		 400 aa  153  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 387 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 405 aa  150  5e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 405 aa  146  6e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  27.85 
 
 		 407 aa  144  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  30 
 
 		 395 aa  143  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 466 aa  143  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 403 aa  143  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 385 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 466 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 466 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 466 aa  142  7e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  45.83 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  45.83 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  45.83 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  45.83 
 
 		 454 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  45.83 
 
 		 454 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  43.35 
 
 		 628 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 395 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  34.99 
 
 		 384 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 384 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 381 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 466 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 466 aa  139  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 466 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 385 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.31 
 
 		 563 aa  136  5e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 467 aa  136  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 411 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 409 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  31.13 
 
 		 411 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  32.64 
 
 		 531 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 384 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  32.93 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  31.34 
 
 		 420 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2861  diguanylate cyclase  30.7 
 
 		 421 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  40.1 
 
 		 476 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 411 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 646 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 1099 aa  130  5.0000000000000004e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  29.62 
 
 		 384 aa  129  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 401 aa  129  7.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 410 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  46.59 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3822  diguanylate cyclase  39.17 
 
 		 403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  33.13 
 
 		 411 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.95 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 495 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  36.22 
 
 		 609 aa  127  5e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.22 
 
 		 709 aa  126  5e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.62 
 
 		 769 aa  126  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  43.41 
 
 		 584 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 409 aa  126  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  26.97 
 
 		 391 aa  126  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  26.97 
 
 		 391 aa  126  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 426 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  40.33 
 
 		 451 aa  125  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 378 aa  125  8.000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 492 aa  125  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  29.57 
 
 		 413 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1852  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 404 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0317173  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  41.98 
 
 		 768 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 611 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2937  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 241 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 753 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.73 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 389 aa  124  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  41.98 
 
 		 768 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  29.32 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 556 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  45.28 
 
 		 684 aa  123  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000814  hypothetical protein  27.55 
 
 		 402 aa  124  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 364 aa  123  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 386 aa  123  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  32.6 
 
 		 411 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 469 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2429  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 406 aa  122  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0271208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 581 aa  122  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 612 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 578 aa  122  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 339 aa  122  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 577 aa  122  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 571 aa  122  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 382 aa  122  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>