More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2431 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  100 
 
 		 329 aa  687    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  87.66 
 
 		 312 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  87.66 
 
 		 312 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  74.83 
 
 		 320 aa  472  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  49.84 
 
 		 318 aa  300  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  50.17 
 
 		 318 aa  278  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  56.2 
 
 		 1121 aa  157  3e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  32.52 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  60.75 
 
 		 1399 aa  151  1e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  31.91 
 
 		 332 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 		 531 aa  149  9e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3138  sensor histidine kinase/response regulator  55.93 
 
 		 484 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.312332  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  56.1 
 
 		 482 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000480808 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.45 
 
 		 1758 aa  144  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.82 
 
 		 2072 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  35.14 
 
 		 451 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 680 aa  139  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.1 
 
 		 1000 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.82 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.76 
 
 		 769 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.05 
 
 		 578 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40 
 
 		 345 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.42 
 
 		 328 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.21 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1354  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.86 
 
 		 1276 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.530457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 360 aa  133  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.03 
 
 		 797 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 354 aa  132  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.17 
 
 		 438 aa  132  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 417 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 385 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 492 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.45 
 
 		 625 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 497 aa  130  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.27 
 
 		 698 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 681 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.74 
 
 		 407 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 364 aa  129  7.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.21 
 
 		 548 aa  129  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  43.02 
 
 		 422 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.27 
 
 		 464 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  40.68 
 
 		 385 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.44 
 
 		 343 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.19 
 
 		 827 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 554 aa  126  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 611 aa  126  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.89 
 
 		 772 aa  126  6e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.14 
 
 		 730 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 		 482 aa  126  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.59 
 
 		 1021 aa  125  7e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.33 
 
 		 328 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.7 
 
 		 586 aa  125  7e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  34.89 
 
 		 498 aa  126  7e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.15 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 350 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.62 
 
 		 326 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.59 
 
 		 610 aa  125  9e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  45.8 
 
 		 653 aa  125  9e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 202 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  38.46 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.07 
 
 		 531 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  40 
 
 		 1037 aa  124  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 612 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 625 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  38.89 
 
 		 628 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 		 346 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 583 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 220 aa  123  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  38.22 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 		 345 aa  123  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  39.49 
 
 		 430 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 464 aa  123  4e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 582 aa  123  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.24 
 
 		 438 aa  123  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 585 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 335 aa  123  6e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 454 aa  122  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 550 aa  122  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  40 
 
 		 431 aa  122  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  39.49 
 
 		 430 aa  122  7e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 391 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  37.16 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.78 
 
 		 413 aa  122  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 312 aa  122  8e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 462 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  39.49 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  39.49 
 
 		 431 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 660 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  39.49 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  39.49 
 
 		 430 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>