More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1021 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  100 
 
 		 300 aa  617  1e-176  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3786  diguanylate cyclase  61.41 
 
 		 302 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  61.41 
 
 		 302 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3597  diguanylate cyclase  61.07 
 
 		 302 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0645  diguanylate cyclase  61.07 
 
 		 302 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3488  diguanylate cyclase  60.74 
 
 		 302 aa  396  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.464189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0796  GGDEF family protein  59.4 
 
 		 303 aa  387  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2545  diguanylate cyclase  61.95 
 
 		 301 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3320  diguanylate cyclase  59.4 
 
 		 302 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0633  diguanylate cyclase  59.73 
 
 		 302 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.4362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  58.59 
 
 		 300 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.95 
 
 		 324 aa  189  7e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002693  putative GGDEF family protein  34.45 
 
 		 306 aa  188  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.78 
 
 		 718 aa  170  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 354 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.79 
 
 		 1000 aa  145  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0128  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 636 aa  142  5e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.308364  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.29 
 
 		 827 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.83 
 
 		 758 aa  133  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 321 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0549  GGDEF family protein  28.33 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 405 aa  127  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 329 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.68 
 
 		 1078 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 		 901 aa  125  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  32.35 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 408 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.22 
 
 		 772 aa  124  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.51 
 
 		 796 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  32.06 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 610 aa  123  5e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 312 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  32.74 
 
 		 312 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.95 
 
 		 531 aa  122  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 437 aa  122  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  37.2 
 
 		 626 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1404  diguanylate cyclase  26.5 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  29.26 
 
 		 659 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 485 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  32.85 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 317 aa  120  3e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 281 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.45 
 
 		 796 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 485 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  34.04 
 
 		 323 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.45 
 
 		 800 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 485 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 1037 aa  119  4.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 469 aa  119  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  34.04 
 
 		 323 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  35.6 
 
 		 323 aa  118  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  35.6 
 
 		 796 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.87 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 485 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.83 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  33.33 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  34.76 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  34.76 
 
 		 565 aa  117  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  30.38 
 
 		 418 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.19 
 
 		 751 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 485 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2016  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.97 
 
 		 874 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.82 
 
 		 531 aa  117  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.13 
 
 		 796 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.98 
 
 		 728 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 485 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 237 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 329 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.95 
 
 		 564 aa  116  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  37.35 
 
 		 321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 608 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  37.04 
 
 		 461 aa  116  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  30.41 
 
 		 297 aa  116  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 486 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 502 aa  115  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  35.96 
 
 		 634 aa  115  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 457 aa  116  6e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 768 aa  116  6e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.29 
 
 		 342 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 486 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 373 aa  115  6.9999999999999995e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 486 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 486 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 320 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.68 
 
 		 612 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.39 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.86 
 
 		 464 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 471 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 730 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>