More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2174 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  100 
 
 		 320 aa  670    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  74.83 
 
 		 329 aa  472  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  73.18 
 
 		 312 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  73.18 
 
 		 312 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  48.97 
 
 		 318 aa  280  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  49.17 
 
 		 318 aa  276  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  57.94 
 
 		 1121 aa  170  3e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  55.56 
 
 		 1758 aa  151  1e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.669381 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3138  sensor histidine kinase/response regulator  54.03 
 
 		 484 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.312332  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0005  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  57.8 
 
 		 1399 aa  145  6e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.7049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  54.62 
 
 		 482 aa  145  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000480808 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.08 
 
 		 2072 aa  142  7e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.384608  normal  0.53452 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.63 
 
 		 531 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.25 
 
 		 1000 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  33.44 
 
 		 332 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.57 
 
 		 342 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1354  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.11 
 
 		 1276 aa  139  6e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.530457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 611 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.92 
 
 		 342 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  33.12 
 
 		 335 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.91 
 
 		 328 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 698 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  33.33 
 
 		 451 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.27 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.21 
 
 		 578 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 329 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  38.89 
 
 		 476 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.82 
 
 		 625 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39 
 
 		 827 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  41.33 
 
 		 548 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.6 
 
 		 438 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.88 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 797 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 366 aa  126  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 582 aa  125  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.56 
 
 		 730 aa  125  7e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  42.44 
 
 		 422 aa  125  8.000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 345 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 550 aa  124  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.24 
 
 		 407 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.07 
 
 		 464 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1525  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  45.04 
 
 		 653 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.93 
 
 		 572 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 769 aa  123  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 602 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2337  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 461 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.114554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 680 aa  122  8e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  30.87 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  38.81 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 753 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 426 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 492 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.17 
 
 		 343 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.98 
 
 		 413 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.58 
 
 		 438 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 772 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 486 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.12 
 
 		 292 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  0.000000000880766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 454 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 350 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1730  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 407 aa  119  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000615882 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  40 
 
 		 409 aa  119  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.36 
 
 		 505 aa  119  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 417 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  39.68 
 
 		 525 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 482 aa  119  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.35 
 
 		 485 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 		 975 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.66 
 
 		 885 aa  119  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 625 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 477 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1021  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000548579  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 623 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 1037 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  30.58 
 
 		 635 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0300  sensory box/GGDEF family protein  37.95 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.759411  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 637 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.46 
 
 		 586 aa  117  3e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  39.11 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  36.41 
 
 		 625 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 635 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.11 
 
 		 1143 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  39.15 
 
 		 525 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36 
 
 		 1078 aa  116  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1360  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.44 
 
 		 974 aa  116  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.11 
 
 		 1143 aa  116  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 312 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.2 
 
 		 493 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 385 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0413  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 461 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.32 
 
 		 345 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>