More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_5099 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  79.1 
 
 		 645 aa  1005    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  58.14 
 
 		 677 aa  674    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  57.83 
 
 		 690 aa  694    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  80.61 
 
 		 642 aa  1008    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  61.46 
 
 		 696 aa  800    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  78.85 
 
 		 645 aa  992    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  100 
 
 		 653 aa  1306    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  53.91 
 
 		 671 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  53.89 
 
 		 668 aa  568  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  61.28 
 
 		 614 aa  432  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  30.95 
 
 		 565 aa  280  5e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  41.78 
 
 		 461 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 508 aa  218  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  32.56 
 
 		 516 aa  208  3e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  32.39 
 
 		 516 aa  204  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 451 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 518 aa  177  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 460 aa  174  5.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  31.27 
 
 		 518 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 518 aa  171  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  35.12 
 
 		 518 aa  168  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 518 aa  167  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 518 aa  167  8e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  29.89 
 
 		 518 aa  166  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  33.94 
 
 		 518 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  30.2 
 
 		 518 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 518 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 518 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  28.98 
 
 		 514 aa  165  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 518 aa  164  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 518 aa  164  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 518 aa  164  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  30.84 
 
 		 518 aa  162  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 559 aa  161  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 530 aa  161  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  31.86 
 
 		 521 aa  160  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  27.3 
 
 		 536 aa  153  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 459 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  38.95 
 
 		 520 aa  151  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.36 
 
 		 797 aa  150  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 314 aa  144  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 308 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 349 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  48.52 
 
 		 467 aa  140  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.9 
 
 		 308 aa  140  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.77 
 
 		 302 aa  140  7e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  43.11 
 
 		 234 aa  140  7.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  35.04 
 
 		 614 aa  139  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  44.77 
 
 		 457 aa  139  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  43.68 
 
 		 306 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 440 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  44 
 
 		 464 aa  138  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  43.68 
 
 		 307 aa  138  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  47.17 
 
 		 474 aa  138  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.99 
 
 		 438 aa  137  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.35 
 
 		 730 aa  137  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  43.86 
 
 		 457 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 354 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 492 aa  136  9e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  40.57 
 
 		 341 aa  137  9e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 476 aa  136  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  48.3 
 
 		 457 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  28.93 
 
 		 518 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  46.2 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 681 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  47.16 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  40.7 
 
 		 721 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  46.59 
 
 		 457 aa  135  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 794 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 348 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 317 aa  134  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  43.71 
 
 		 763 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.59 
 
 		 315 aa  134  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  47.95 
 
 		 572 aa  134  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 621 aa  134  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  47.73 
 
 		 457 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 631 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 454 aa  133  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  38.71 
 
 		 355 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 309 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  35.42 
 
 		 524 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.47 
 
 		 896 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  44.77 
 
 		 624 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  43.27 
 
 		 328 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 559 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 624 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  41.79 
 
 		 628 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  37.92 
 
 		 753 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  45.14 
 
 		 466 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 493 aa  131  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.09 
 
 		 466 aa  132  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.09 
 
 		 466 aa  132  3e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  41.82 
 
 		 323 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.09 
 
 		 466 aa  132  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.09 
 
 		 454 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.09 
 
 		 466 aa  132  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.09 
 
 		 454 aa  131  3e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 659 aa  131  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  47.16 
 
 		 457 aa  132  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 610 aa  132  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>