More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4678 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  78 
 
 		 400 aa  640    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  93.95 
 
 		 431 aa  819    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  100 
 
 		 432 aa  886    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  83.92 
 
 		 442 aa  657    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  77.52 
 
 		 425 aa  652    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  77.75 
 
 		 427 aa  659    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  79.16 
 
 		 427 aa  674    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  65.26 
 
 		 439 aa  546  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 426 aa  283  4.0000000000000003e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 411 aa  239  9e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 410 aa  238  1e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  38.11 
 
 		 412 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  38.99 
 
 		 411 aa  223  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  44 
 
 		 393 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  49.33 
 
 		 417 aa  209  6e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  48.51 
 
 		 412 aa  206  8e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  34.75 
 
 		 412 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  50.48 
 
 		 398 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  50.54 
 
 		 362 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  50.77 
 
 		 405 aa  194  2e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  50.26 
 
 		 396 aa  192  7e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  50.49 
 
 		 396 aa  192  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 412 aa  192  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  49.02 
 
 		 381 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  46.53 
 
 		 410 aa  189  8e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  47.75 
 
 		 387 aa  178  2e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  42.41 
 
 		 413 aa  176  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  51.37 
 
 		 411 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 394 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 411 aa  170  4e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  44.56 
 
 		 384 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.44 
 
 		 550 aa  114  5e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 638 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 523 aa  112  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 508 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  34.27 
 
 		 242 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.6 
 
 		 638 aa  110  5e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  37.3 
 
 		 311 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.78 
 
 		 457 aa  109  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.82 
 
 		 550 aa  109  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  37.84 
 
 		 311 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  37.84 
 
 		 311 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  36.13 
 
 		 455 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 311 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 311 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 311 aa  109  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 311 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 311 aa  109  1e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 352 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.93 
 
 		 355 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  36.45 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 388 aa  106  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  30.55 
 
 		 422 aa  106  8e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 494 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.78 
 
 		 346 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 388 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  38.19 
 
 		 328 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0410  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 657 aa  106  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754716 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 308 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 1099 aa  105  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 374 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 355 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.84 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 610 aa  104  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 380 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  37.57 
 
 		 337 aa  104  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  38.07 
 
 		 339 aa  104  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 341 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.98 
 
 		 648 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 513 aa  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 696 aa  103  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 405 aa  103  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 764 aa  103  8e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 342 aa  103  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 467 aa  103  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 490 aa  103  8e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 764 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.95 
 
 		 570 aa  103  9e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 		 665 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 450 aa  102  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 764 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 466 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 450 aa  102  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  34.05 
 
 		 564 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 460 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 454 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  30.7 
 
 		 477 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  36.98 
 
 		 626 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 614 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 566 aa  102  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  37.97 
 
 		 275 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.98 
 
 		 745 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  32.71 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  33.69 
 
 		 457 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  37.97 
 
 		 235 aa  102  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 352 aa  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0449  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.7 
 
 		 347 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>