More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0493 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  100 
 
 		 412 aa  838    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  48.38 
 
 		 412 aa  407  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  49.23 
 
 		 393 aa  403  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  45.85 
 
 		 410 aa  397  1e-109  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  35.16 
 
 		 413 aa  265  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 412 aa  225  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 410 aa  208  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  33.42 
 
 		 411 aa  209  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  46.46 
 
 		 439 aa  207  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  48.51 
 
 		 432 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  32.12 
 
 		 411 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  50.25 
 
 		 427 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  48.77 
 
 		 427 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  48.77 
 
 		 400 aa  189  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 426 aa  189  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  32.8 
 
 		 417 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  48.77 
 
 		 425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  33.42 
 
 		 381 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  48.02 
 
 		 431 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  40.18 
 
 		 398 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  49 
 
 		 442 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 362 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  34.56 
 
 		 396 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 405 aa  173  5.999999999999999e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 396 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 411 aa  157  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 411 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  44 
 
 		 387 aa  156  6e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 412 aa  155  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 384 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 394 aa  143  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 343 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.14 
 
 		 665 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  35.36 
 
 		 355 aa  104  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  37.79 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  36.65 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 324 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 324 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  36.36 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 324 aa  101  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.98 
 
 		 638 aa  100  4e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 443 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 352 aa  100  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 420 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 374 aa  100  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 339 aa  100  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  37.57 
 
 		 339 aa  100  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  36.02 
 
 		 341 aa  100  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 385 aa  99.8  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  40.33 
 
 		 461 aa  99  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  31.47 
 
 		 324 aa  99  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  36.88 
 
 		 418 aa  99.4  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 696 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2050  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 370 aa  99.4  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0291129  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 523 aa  98.6  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 466 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0415  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 392 aa  98.2  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 320 aa  98.6  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 460 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 320 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  32.26 
 
 		 323 aa  97.8  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  30.34 
 
 		 332 aa  97.8  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 339 aa  97.8  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 472 aa  97.4  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 353 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  36.63 
 
 		 337 aa  97.4  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 		 280 aa  97.4  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 355 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 		 337 aa  97.1  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 323 aa  96.7  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 354 aa  96.7  7e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  36.07 
 
 		 320 aa  96.7  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 353 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 332 aa  95.5  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 517 aa  95.5  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3354  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 667 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 523 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.67 
 
 		 483 aa  95.5  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.35 
 
 		 667 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 341 aa  95.9  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.41 
 
 		 800 aa  95.9  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 440 aa  96.3  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 340 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 452 aa  94.4  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  35 
 
 		 523 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0092  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 577 aa  94.7  3e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 498 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.9 
 
 		 457 aa  94.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 480 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 544 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0596  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 474 aa  94  4e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000817529  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.52 
 
 		 565 aa  94  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  28.2 
 
 		 372 aa  94  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  36.02 
 
 		 455 aa  94.4  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2842  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.15 
 
 		 661 aa  94  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.947946 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 371 aa  94  5e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0410  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 657 aa  93.6  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754716 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>