More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0186 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  100 
 
 		 398 aa  808    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  65.62 
 
 		 381 aa  511  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  60.79 
 
 		 396 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  52.46 
 
 		 417 aa  409  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  46.17 
 
 		 396 aa  325  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 412 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  37.99 
 
 		 411 aa  218  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 362 aa  209  6e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  38.64 
 
 		 410 aa  208  2e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  50.27 
 
 		 410 aa  207  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 411 aa  206  7e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  48.56 
 
 		 439 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  33.77 
 
 		 413 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  50.48 
 
 		 432 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  34.22 
 
 		 393 aa  195  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  33.95 
 
 		 412 aa  187  3e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  32.35 
 
 		 412 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 405 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  33.91 
 
 		 384 aa  181  2e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 426 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  47.14 
 
 		 427 aa  173  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  50.5 
 
 		 400 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  46.7 
 
 		 412 aa  171  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 427 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  50.27 
 
 		 411 aa  171  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 442 aa  171  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  49.05 
 
 		 431 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 394 aa  168  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 387 aa  167  4e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  50.5 
 
 		 425 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 411 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 443 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 443 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.16 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 450 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 298 aa  111  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  38.95 
 
 		 341 aa  110  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 341 aa  109  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 385 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  36 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 467 aa  107  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 		 638 aa  107  5e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 385 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 341 aa  106  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 341 aa  106  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 490 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  34.33 
 
 		 339 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 467 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  32.47 
 
 		 976 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  33.66 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 638 aa  103  5e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 457 aa  103  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 341 aa  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 341 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 345 aa  103  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.91 
 
 		 570 aa  103  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 532 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.32 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  37.37 
 
 		 466 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  33.97 
 
 		 419 aa  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 472 aa  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  32.4 
 
 		 413 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 373 aa  102  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  37.85 
 
 		 431 aa  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0945  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 463 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 414 aa  101  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 569 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.31 
 
 		 663 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 341 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 467 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 794 aa  101  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  32.16 
 
 		 410 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 414 aa  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 365 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  32.16 
 
 		 410 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  33.5 
 
 		 337 aa  101  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  30.77 
 
 		 457 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 352 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 430 aa  100  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 430 aa  100  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 430 aa  100  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 532 aa  100  5e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 341 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.2 
 
 		 901 aa  100  5e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 490 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 430 aa  100  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 341 aa  100  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.46 
 
 		 668 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 388 aa  100  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.15 
 
 		 410 aa  99.8  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  34.83 
 
 		 422 aa  99.8  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 508 aa  99.8  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.25 
 
 		 457 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.46 
 
 		 668 aa  99.8  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 332 aa  99.8  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 328 aa  99.8  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>