More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1781 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  99.02 
 
 		 410 aa  847    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  99.27 
 
 		 410 aa  849    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  99.53 
 
 		 430 aa  894    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  99.3 
 
 		 430 aa  892    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  99.77 
 
 		 430 aa  896    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  99.07 
 
 		 430 aa  891    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  99.02 
 
 		 410 aa  847    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  99.02 
 
 		 410 aa  847    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  100 
 
 		 430 aa  897    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  68.72 
 
 		 410 aa  593  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.66 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 620 aa  150  4e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.45 
 
 		 1000 aa  149  7e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.97 
 
 		 424 aa  149  8e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.33 
 
 		 738 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 539 aa  147  5e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  30.87 
 
 		 659 aa  145  1e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 427 aa  143  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 237 aa  143  7e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  48.82 
 
 		 564 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  47.65 
 
 		 364 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.56 
 
 		 454 aa  140  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.07 
 
 		 1471 aa  140  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 492 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.42 
 
 		 827 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 		 791 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 		 686 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 570 aa  138  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.52 
 
 		 505 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 768 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.07 
 
 		 1078 aa  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 437 aa  135  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.67 
 
 		 901 aa  135  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 459 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 454 aa  134  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 526 aa  134  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  36.8 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.28 
 
 		 418 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 632 aa  133  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 		 419 aa  133  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  35.32 
 
 		 428 aa  133  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 438 aa  132  9e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  30.28 
 
 		 459 aa  132  9e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.84 
 
 		 482 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.29 
 
 		 1021 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 420 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.37 
 
 		 578 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 350 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 385 aa  131  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 378 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.11 
 
 		 564 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 492 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  39.21 
 
 		 432 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30 
 
 		 909 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1510  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.13 
 
 		 581 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.865852  normal  0.193576 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 385 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 490 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.1 
 
 		 425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.2 
 
 		 416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 309 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 317 aa  128  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 362 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 349 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 487 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  39.55 
 
 		 634 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 366 aa  127  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.48 
 
 		 730 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  35.23 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 611 aa  128  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 532 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  41.24 
 
 		 525 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.76 
 
 		 777 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.290622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 637 aa  127  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 736 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 342 aa  126  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 342 aa  126  7e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.48 
 
 		 457 aa  126  7e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  44.77 
 
 		 319 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.12 
 
 		 469 aa  126  8.000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 1037 aa  126  8.000000000000001e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  43.87 
 
 		 448 aa  126  9e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  31.83 
 
 		 540 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3126  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.47 
 
 		 839 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 351 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.27 
 
 		 572 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 357 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3263  GGDEF domain-containing protein  31.71 
 
 		 823 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505272  normal  0.0188665 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0426  putative GGDEF protein  35.15 
 
 		 413 aa  125  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.631508  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  40.83 
 
 		 689 aa  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.76 
 
 		 448 aa  124  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 237 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  44.2 
 
 		 628 aa  124  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 753 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 426 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.81 
 
 		 531 aa  124  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.53 
 
 		 416 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>