More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0945 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0945  diguanylate cyclase  100 
 
 		 463 aa  934    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 422 aa  158  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  46.84 
 
 		 328 aa  150  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 620 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  40.62 
 
 		 536 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  43.39 
 
 		 410 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 461 aa  147  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 538 aa  146  9e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  38.4 
 
 		 370 aa  146  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  36.08 
 
 		 390 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.45 
 
 		 338 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 481 aa  143  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 481 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  42.86 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.61 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 462 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 386 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 338 aa  140  4.999999999999999e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  40.78 
 
 		 579 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  42.39 
 
 		 335 aa  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 334 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  42.78 
 
 		 367 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 547 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.76 
 
 		 546 aa  138  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 462 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  38.94 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 372 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5143  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.58 
 
 		 643 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.248831  normal  0.87155 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 319 aa  137  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 305 aa  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.96 
 
 		 335 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  42.64 
 
 		 1643 aa  137  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 344 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 310 aa  136  7.000000000000001e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 353 aa  136  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.3 
 
 		 312 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 591 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 327 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.86 
 
 		 664 aa  135  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 339 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  35.06 
 
 		 1629 aa  134  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.18 
 
 		 421 aa  134  3.9999999999999996e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  42.25 
 
 		 1637 aa  134  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  30.33 
 
 		 323 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 344 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 308 aa  134  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 316 aa  133  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  43.01 
 
 		 1726 aa  133  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.58 
 
 		 1262 aa  133  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 330 aa  132  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 660 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  38.03 
 
 		 644 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.36 
 
 		 1636 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  38.33 
 
 		 987 aa  131  3e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 542 aa  131  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  42.26 
 
 		 344 aa  131  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 		 352 aa  131  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  38.28 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 465 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 660 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 306 aa  130  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  41.03 
 
 		 641 aa  130  7.000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0998  PleD  42.86 
 
 		 511 aa  130  7.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.684124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  40.22 
 
 		 581 aa  129  9.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 362 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 553 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  38.71 
 
 		 347 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 519 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  36.67 
 
 		 1034 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1429  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 306 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000190183 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 455 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0569  GGDEF domain-containing protein  37.56 
 
 		 678 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729555  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  40 
 
 		 310 aa  129  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 357 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 357 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5581  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  30.31 
 
 		 548 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 345 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  41.15 
 
 		 480 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  38.1 
 
 		 327 aa  127  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  40 
 
 		 555 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1193  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 650 aa  126  9e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.142429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  39.88 
 
 		 583 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 534 aa  126  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.33 
 
 		 960 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 398 aa  125  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 349 aa  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  28.47 
 
 		 630 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 353 aa  124  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1221  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 519 aa  124  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>