More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0206 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 396 aa  811    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  60.63 
 
 		 381 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  61.15 
 
 		 398 aa  457  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  54.84 
 
 		 417 aa  443  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  46.08 
 
 		 396 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 412 aa  243  3e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  38.3 
 
 		 411 aa  224  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  37.47 
 
 		 411 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 410 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 362 aa  207  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  34.65 
 
 		 412 aa  199  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  48.97 
 
 		 439 aa  197  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  35.26 
 
 		 393 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  50.26 
 
 		 432 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 405 aa  186  4e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  34.04 
 
 		 410 aa  183  4.0000000000000006e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  34.07 
 
 		 412 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 384 aa  180  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 412 aa  179  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  53.98 
 
 		 411 aa  176  5e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  41.63 
 
 		 426 aa  176  7e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 427 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  46.73 
 
 		 394 aa  173  5e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  30.69 
 
 		 413 aa  171  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  43.8 
 
 		 442 aa  171  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  49.23 
 
 		 431 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 427 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  43.15 
 
 		 400 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 411 aa  166  8e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 425 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  31.09 
 
 		 387 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 443 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 443 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.12 
 
 		 355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 352 aa  111  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 532 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 414 aa  110  5e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 357 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.36 
 
 		 346 aa  109  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.18 
 
 		 800 aa  110  6e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  38.55 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 726 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 726 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 490 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 385 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 532 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 430 aa  107  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  35.03 
 
 		 410 aa  107  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.03 
 
 		 410 aa  107  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 430 aa  107  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 430 aa  107  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 430 aa  107  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  35.03 
 
 		 410 aa  107  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 353 aa  106  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  39.78 
 
 		 461 aa  106  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 490 aa  106  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 354 aa  106  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 457 aa  106  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 384 aa  106  9e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 267 aa  105  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 492 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 562 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 426 aa  105  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.51 
 
 		 638 aa  105  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 527 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 220 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 513 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 373 aa  105  2e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  29.8 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 353 aa  105  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  34.46 
 
 		 430 aa  105  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.46 
 
 		 410 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.33 
 
 		 572 aa  104  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  37.99 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 472 aa  104  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  35.88 
 
 		 339 aa  104  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 432 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 389 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 387 aa  104  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 380 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  36.72 
 
 		 418 aa  103  4e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.44 
 
 		 457 aa  103  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 377 aa  104  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 		 422 aa  103  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 467 aa  103  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 389 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  38.92 
 
 		 414 aa  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  35.59 
 
 		 411 aa  103  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 349 aa  103  7e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 389 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 389 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  37.64 
 
 		 308 aa  103  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 542 aa  102  8e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 422 aa  102  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 317 aa  102  9e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>