More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2535 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  100 
 
 		 350 aa  714    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2807  GGDEF domain protein  73.71 
 
 		 385 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.685296  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  40.18 
 
 		 430 aa  144  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 382 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 426 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 372 aa  132  9e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 490 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 368 aa  129  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 374 aa  129  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 		 512 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 554 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.44 
 
 		 425 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 310 aa  126  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.26 
 
 		 505 aa  126  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 403 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36 
 
 		 307 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 477 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  39.23 
 
 		 563 aa  124  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.85 
 
 		 772 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  28.57 
 
 		 351 aa  124  3e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  41.1 
 
 		 949 aa  123  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 492 aa  123  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 640 aa  123  5e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 459 aa  123  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 490 aa  122  8e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 422 aa  122  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  30.77 
 
 		 266 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 736 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  43.83 
 
 		 689 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  41.67 
 
 		 418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 487 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 574 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 659 aa  120  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.37 
 
 		 710 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  39.18 
 
 		 235 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 249 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 381 aa  119  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 387 aa  120  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  39.18 
 
 		 275 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 365 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 638 aa  119  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 570 aa  119  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.72 
 
 		 841 aa  119  6e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 		 312 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.76 
 
 		 663 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 564 aa  119  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.62 
 
 		 1079 aa  119  9e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 380 aa  119  9e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 452 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 452 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 172 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 574 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  42.2 
 
 		 533 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  39.89 
 
 		 451 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.12 
 
 		 548 aa  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 405 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  38.55 
 
 		 452 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 452 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 476 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 295 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 476 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 357 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  35.98 
 
 		 493 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 417 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 		 698 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  41.1 
 
 		 836 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40.56 
 
 		 457 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 385 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.58 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 559 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 487 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  40.49 
 
 		 792 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 738 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  34.67 
 
 		 319 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 382 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 531 aa  116  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.85 
 
 		 373 aa  116  5e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40 
 
 		 490 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 386 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>