More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2807 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2807  GGDEF domain protein  100 
 
 		 385 aa  785    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.685296  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2535  GGDEF  73.71 
 
 		 350 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.388449  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  39.9 
 
 		 430 aa  135  8e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  27.98 
 
 		 351 aa  133  6e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 362 aa  130  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 278 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.44 
 
 		 425 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 554 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  34 
 
 		 380 aa  127  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  28.4 
 
 		 403 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 381 aa  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 385 aa  127  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  42.86 
 
 		 418 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.31 
 
 		 512 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 487 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 490 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.92 
 
 		 505 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 235 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  35.12 
 
 		 368 aa  123  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 310 aa  123  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  39.44 
 
 		 275 aa  123  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 387 aa  123  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  28.3 
 
 		 357 aa  123  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 492 aa  123  7e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  39.17 
 
 		 564 aa  122  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0716  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 619 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 570 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0712  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 523 aa  121  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  43.59 
 
 		 459 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 354 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 372 aa  121  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 381 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40 
 
 		 373 aa  121  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.05 
 
 		 474 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 490 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 464 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 532 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 312 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  41.14 
 
 		 836 aa  119  7.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 369 aa  119  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 309 aa  119  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  44.19 
 
 		 371 aa  119  9.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 571 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  40 
 
 		 949 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 426 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 488 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 454 aa  118  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 564 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.49 
 
 		 668 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 558 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  37.96 
 
 		 564 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.49 
 
 		 668 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 564 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.14 
 
 		 841 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.59 
 
 		 663 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 362 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 438 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  40.25 
 
 		 792 aa  117  3e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 380 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  37.9 
 
 		 443 aa  117  3e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.72 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 374 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.08 
 
 		 413 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 485 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 637 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  29.75 
 
 		 485 aa  117  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  30.32 
 
 		 548 aa  116  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 314 aa  117  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2748  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 651 aa  116  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0199433  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 775 aa  116  6e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 638 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 347 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 314 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.82 
 
 		 772 aa  115  8.999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 736 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 496 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1077  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  38.03 
 
 		 558 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734609  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 459 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  34.97 
 
 		 458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0255  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 408 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000365905 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 614 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.65 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 574 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 738 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  32.45 
 
 		 477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 659 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 365 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  40 
 
 		 517 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 640 aa  114  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 539 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  38.36 
 
 		 524 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>