More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1693 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001637  EcDH1_1693  diguanylate cyclase  100 
 
 
564 aa  1167    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000442745  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2732  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  99.47 
 
 
564 aa  1162    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000132125  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  66.01 
 
 
570 aa  805    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  66.01 
 
 
570 aa  805    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1687  diguanylate cyclase  98.94 
 
 
564 aa  1156    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0356503  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2546  diguanylate cyclase  59.36 
 
 
564 aa  692    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0032266  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2187  diguanylate cyclase  99.1 
 
 
558 aa  1142    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000194525  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  66.01 
 
 
570 aa  805    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  66.01 
 
 
570 aa  804    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1077  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  98.57 
 
 
558 aa  1138    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734609  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1230  diguanylate cyclase  99.28 
 
 
558 aa  1143    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000119791  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  66.01 
 
 
570 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  27.23 
 
 
584 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  26.83 
 
 
587 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  27.05 
 
 
586 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  43.93 
 
 
380 aa  136  9e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.91 
 
 
302 aa  131  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  38.97 
 
 
430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
339 aa  130  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  45.56 
 
 
360 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 
469 aa  127  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.77 
 
 
611 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  41.44 
 
 
296 aa  125  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  41.57 
 
 
415 aa  125  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.83 
 
 
1079 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  35.68 
 
 
556 aa  124  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  41.77 
 
 
364 aa  124  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  35.12 
 
 
571 aa  124  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.41 
 
 
917 aa  124  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  41.3 
 
 
628 aa  124  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
405 aa  124  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.15 
 
 
422 aa  123  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0270  diguanylate cyclase  35.92 
 
 
408 aa  123  7e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  37.99 
 
 
426 aa  124  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  41.82 
 
 
794 aa  123  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 
301 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  41.32 
 
 
471 aa  123  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.24 
 
 
827 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  36.05 
 
 
363 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  38.86 
 
 
525 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
396 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  40.45 
 
 
451 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  38.86 
 
 
525 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  42.01 
 
 
385 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  40 
 
 
539 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  36.54 
 
 
264 aa  121  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  41.52 
 
 
459 aa  120  4.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  37.82 
 
 
267 aa  120  6e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  36.59 
 
 
264 aa  120  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
377 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  38.37 
 
 
548 aa  120  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.3 
 
 
464 aa  120  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 
454 aa  120  7.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
490 aa  120  9e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  36.76 
 
 
659 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.85 
 
 
540 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.82 
 
 
769 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1528  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
1339 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.646539  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  40 
 
 
508 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  36.68 
 
 
357 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  37.36 
 
 
499 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 
482 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 
422 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  43.21 
 
 
604 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
495 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  40.74 
 
 
426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 
324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
243 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  35.69 
 
 
592 aa  118  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 
668 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
261 aa  118  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  36.16 
 
 
555 aa  118  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0835  diguanylate cyclase  34.01 
 
 
443 aa  118  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.153525  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  37.19 
 
 
486 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 
668 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  45.4 
 
 
425 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  41.01 
 
 
318 aa  118  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  42.77 
 
 
502 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
582 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.43 
 
 
457 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  42.17 
 
 
353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
485 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  38.59 
 
 
539 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  35.34 
 
 
681 aa  117  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  32.68 
 
 
488 aa  117  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  43.29 
 
 
473 aa  117  5e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.36 
 
 
323 aa  117  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
395 aa  117  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  42.42 
 
 
395 aa  117  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  36.49 
 
 
537 aa  117  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.68 
 
 
486 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  34.33 
 
 
477 aa  117  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  37.65 
 
 
640 aa  117  6.9999999999999995e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.68 
 
 
486 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.68 
 
 
486 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  33.8 
 
 
571 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  33.08 
 
 
464 aa  117  6.9999999999999995e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1404  diguanylate cyclase  34.47 
 
 
390 aa  117  6.9999999999999995e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  37.62 
 
 
411 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  37.29 
 
 
220 aa  116  7.999999999999999e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>