More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3868 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  100 
 
 		 517 aa  1051    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  53.76 
 
 		 520 aa  550  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  50.88 
 
 		 516 aa  499  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  50.2 
 
 		 507 aa  490  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  50 
 
 		 507 aa  489  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 448 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 448 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  44.54 
 
 		 585 aa  306  6e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5031  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 532 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 614 aa  276  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 538 aa  248  3e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 599 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  37.89 
 
 		 510 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 521 aa  239  8e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 512 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  35.24 
 
 		 636 aa  190  5e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  32.76 
 
 		 568 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  31.04 
 
 		 464 aa  155  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 559 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  32.5 
 
 		 565 aa  136  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  38.78 
 
 		 668 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  25.79 
 
 		 524 aa  134  5e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 901 aa  134  6e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.14 
 
 		 791 aa  134  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  38.27 
 
 		 671 aa  133  9e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0884  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 285 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.576242  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  31.56 
 
 		 349 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 487 aa  131  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 696 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 615 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  42 
 
 		 721 aa  130  7.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.65 
 
 		 474 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 568 aa  129  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 583 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 753 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  40 
 
 		 427 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 411 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 916 aa  129  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 353 aa  128  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 559 aa  128  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 332 aa  128  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 307 aa  128  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 772 aa  128  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  41.51 
 
 		 366 aa  127  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  39.1 
 
 		 530 aa  127  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 508 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 569 aa  126  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.71 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  33.77 
 
 		 690 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 314 aa  126  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  37.82 
 
 		 518 aa  126  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 378 aa  126  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 370 aa  126  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 460 aa  126  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 372 aa  126  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 548 aa  126  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.29 
 
 		 308 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 559 aa  125  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 611 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  30.38 
 
 		 451 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0237  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 427 aa  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.124528  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.33 
 
 		 572 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 722 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.34 
 
 		 348 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 285 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1898  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.693267 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0136  diguanylate cyclase  45.22 
 
 		 288 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.041844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 518 aa  125  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.34 
 
 		 348 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.99 
 
 		 418 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 		 610 aa  124  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  124  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.56 
 
 		 512 aa  124  4e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 405 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 650 aa  124  5e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  40.12 
 
 		 308 aa  124  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  40.25 
 
 		 425 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 		 550 aa  123  7e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 461 aa  123  7e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 280 aa  123  8e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 491 aa  123  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 308 aa  123  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 381 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.23 
 
 		 331 aa  123  8e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  38.95 
 
 		 677 aa  123  9e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 387 aa  123  9e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.52 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  40.65 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  35.51 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 361 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 536 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  41.77 
 
 		 308 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2555  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 345 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 463 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 312 aa  122  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  40.65 
 
 		 307 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 638 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 569 aa  121  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 395 aa  121  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 360 aa  121  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>