More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3991 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  100 
 
 		 396 aa  806    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  46.08 
 
 		 396 aa  332  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  43 
 
 		 417 aa  327  3e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 398 aa  319  5e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  45.75 
 
 		 381 aa  317  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 412 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  36.92 
 
 		 411 aa  213  7e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 411 aa  200  3e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  33.75 
 
 		 413 aa  199  7e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  44.78 
 
 		 410 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  50.49 
 
 		 432 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  48.19 
 
 		 439 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  41.43 
 
 		 362 aa  186  9e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  38.85 
 
 		 405 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  36.29 
 
 		 410 aa  180  4.999999999999999e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  34.75 
 
 		 393 aa  178  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  42.91 
 
 		 442 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  32.43 
 
 		 412 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 411 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 412 aa  172  6.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 426 aa  170  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  49.28 
 
 		 431 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  43.01 
 
 		 412 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  40.67 
 
 		 427 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  47.03 
 
 		 427 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  45.81 
 
 		 400 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 387 aa  152  1e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 394 aa  151  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 425 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 411 aa  150  5e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 339 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 569 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2229  GGDEF domain protein  41.67 
 
 		 398 aa  116  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.728282  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.99 
 
 		 570 aa  116  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 341 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.57 
 
 		 346 aa  114  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 385 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 385 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 332 aa  113  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 409 aa  112  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  33.98 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 341 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  37.86 
 
 		 422 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  36.76 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.98 
 
 		 466 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 443 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  39.18 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 341 aa  111  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 355 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0945  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 463 aa  110  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.36887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  35.1 
 
 		 346 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 353 aa  109  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 443 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  40 
 
 		 347 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 341 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 341 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  37.17 
 
 		 461 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 565 aa  109  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3223  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 343 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  36.84 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 457 aa  108  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  35.36 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 340 aa  108  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1998  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0959773 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  34.06 
 
 		 419 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  39.68 
 
 		 355 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 510 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  39.27 
 
 		 454 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.82 
 
 		 901 aa  107  3e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 470 aa  107  4e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 456 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 562 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 508 aa  107  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 343 aa  107  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  36.67 
 
 		 422 aa  106  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 386 aa  106  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 352 aa  106  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 620 aa  106  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  31.25 
 
 		 328 aa  106  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 471 aa  106  8e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  36.32 
 
 		 457 aa  106  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 566 aa  106  9e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 523 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.2 
 
 		 638 aa  106  9e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.61 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 430 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.41 
 
 		 407 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  36.98 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 430 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 384 aa  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  35.61 
 
 		 410 aa  105  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 430 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>