More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5168 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  80.65 
 
 		 400 aa  651    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  83.92 
 
 		 431 aa  721    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  84.15 
 
 		 432 aa  717    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  100 
 
 		 442 aa  905    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  83.92 
 
 		 427 aa  699    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  81.32 
 
 		 427 aa  672    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  80.61 
 
 		 425 aa  660    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  64.33 
 
 		 439 aa  553  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 426 aa  303  3.0000000000000004e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 411 aa  244  3e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  40.27 
 
 		 410 aa  244  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 412 aa  241  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  39.74 
 
 		 411 aa  227  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  35.28 
 
 		 393 aa  223  7e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  42.45 
 
 		 396 aa  213  7e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  49 
 
 		 412 aa  212  7.999999999999999e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  34.74 
 
 		 412 aa  211  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  46.61 
 
 		 417 aa  206  5e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  43.8 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 398 aa  202  9e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  47.5 
 
 		 410 aa  199  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  45.58 
 
 		 405 aa  197  3e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  50.25 
 
 		 381 aa  196  7e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  49.73 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  32.93 
 
 		 413 aa  188  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  50.84 
 
 		 412 aa  186  7e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  47.46 
 
 		 387 aa  177  3e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 394 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  49.45 
 
 		 411 aa  169  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  46.35 
 
 		 411 aa  168  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  41 
 
 		 384 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 508 aa  116  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 343 aa  114  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 638 aa  111  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  34.62 
 
 		 242 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 454 aa  108  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  34.92 
 
 		 380 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  39.43 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  39.25 
 
 		 235 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  39.25 
 
 		 275 aa  108  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.45 
 
 		 550 aa  107  5e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  36.71 
 
 		 1099 aa  105  1e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 523 aa  104  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  40.32 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  38.33 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 614 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  33.02 
 
 		 337 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 530 aa  103  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 494 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 		 665 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  37.31 
 
 		 385 aa  103  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 450 aa  103  7e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 450 aa  103  7e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  35.26 
 
 		 455 aa  103  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 451 aa  103  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.56 
 
 		 648 aa  103  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 388 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 		 565 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  30.84 
 
 		 477 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 388 aa  102  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 347 aa  102  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 		 638 aa  101  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 460 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 345 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 518 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2481  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 374 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 610 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  36.32 
 
 		 457 aa  102  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.97 
 
 		 901 aa  102  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.08 
 
 		 469 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 343 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 466 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  38.38 
 
 		 328 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 352 aa  101  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.25 
 
 		 346 aa  101  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 352 aa  101  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 376 aa  101  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 460 aa  100  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.75 
 
 		 355 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  37.22 
 
 		 337 aa  100  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.14 
 
 		 570 aa  100  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 382 aa  100  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  34.74 
 
 		 457 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  36.22 
 
 		 311 aa  100  7e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  37.23 
 
 		 414 aa  100  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 347 aa  100  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 398 aa  99.8  8e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  34.74 
 
 		 419 aa  99.8  9e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 307 aa  99.4  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 514 aa  99.4  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0449  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.24 
 
 		 347 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 311 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  29.72 
 
 		 311 aa  98.6  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  29.72 
 
 		 311 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 696 aa  99  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 311 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  29.72 
 
 		 311 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>