More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0395 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  99 
 
 		 400 aa  778    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  78.35 
 
 		 431 aa  669    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  77.52 
 
 		 432 aa  668    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  100 
 
 		 425 aa  863    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  90.63 
 
 		 427 aa  751    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  96.49 
 
 		 427 aa  788    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  80.61 
 
 		 442 aa  620  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  65.08 
 
 		 439 aa  533  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  43.69 
 
 		 426 aa  297  2e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  39.06 
 
 		 411 aa  228  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 412 aa  226  7e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 410 aa  218  1e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  36.51 
 
 		 393 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  36.7 
 
 		 411 aa  216  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  48.77 
 
 		 412 aa  206  7e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  47.73 
 
 		 417 aa  199  9e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  33.6 
 
 		 412 aa  197  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  50.82 
 
 		 362 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  50.5 
 
 		 398 aa  192  7e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  47.01 
 
 		 381 aa  192  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 405 aa  189  5.999999999999999e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  49.01 
 
 		 410 aa  188  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  43.32 
 
 		 396 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 412 aa  182  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  45.97 
 
 		 394 aa  182  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 396 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  46.89 
 
 		 387 aa  172  9e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  42.19 
 
 		 413 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 411 aa  171  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  50.28 
 
 		 411 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 384 aa  149  9e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 508 aa  116  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3471  GGDEF family protein  33.93 
 
 		 242 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 1099 aa  110  7.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 610 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 494 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 454 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 345 aa  103  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  37.63 
 
 		 414 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  34.35 
 
 		 564 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 		 638 aa  102  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 696 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.17 
 
 		 550 aa  102  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  35.45 
 
 		 455 aa  101  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.71 
 
 		 457 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2950  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 485 aa  100  5e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0805106  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 494 aa  100  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  27.44 
 
 		 640 aa  100  7e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.17 
 
 		 550 aa  99.8  8e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  34.92 
 
 		 457 aa  99.8  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 460 aa  99.8  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  37.97 
 
 		 454 aa  99.8  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  36.46 
 
 		 422 aa  99.8  9e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  32.09 
 
 		 477 aa  99.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 378 aa  99  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.13 
 
 		 325 aa  99.4  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 466 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  31.06 
 
 		 603 aa  99  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 631 aa  98.6  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 342 aa  98.6  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 513 aa  98.6  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 405 aa  98.6  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 451 aa  98.2  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 343 aa  97.8  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  30.99 
 
 		 337 aa  97.8  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  35.45 
 
 		 457 aa  97.8  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3838  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 452 aa  97.8  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.210475  normal  0.0305933 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 572 aa  97.4  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  33.03 
 
 		 361 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 355 aa  97.4  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 638 aa  97.1  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 498 aa  97.1  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.22 
 
 		 346 aa  97.4  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  33.87 
 
 		 457 aa  97.1  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  37.02 
 
 		 337 aa  97.4  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.64 
 
 		 355 aa  97.1  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 523 aa  97.1  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 557 aa  97.1  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 308 aa  96.7  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 450 aa  96.7  7e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.81 
 
 		 450 aa  96.7  7e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 382 aa  96.3  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 614 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  38.07 
 
 		 339 aa  96.3  9e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0449  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.97 
 
 		 347 aa  96.3  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  31.08 
 
 		 357 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  36.41 
 
 		 609 aa  95.9  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.41 
 
 		 709 aa  95.9  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 632 aa  96.3  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 569 aa  96.3  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 420 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  36.04 
 
 		 385 aa  95.9  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 332 aa  96.3  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 631 aa  95.9  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  35.23 
 
 		 288 aa  96.3  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.97 
 
 		 648 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2518  GGDEF domain-containing protein  35.91 
 
 		 407 aa  95.1  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.17 
 
 		 814 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>