More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0245 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 417 aa  854    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  54.84 
 
 		 396 aa  423  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  53.93 
 
 		 381 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  52.46 
 
 		 398 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  43 
 
 		 396 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  40.9 
 
 		 412 aa  239  5e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  37.99 
 
 		 411 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 411 aa  218  2e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  49.09 
 
 		 439 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  52.63 
 
 		 410 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  38.84 
 
 		 362 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  49.33 
 
 		 432 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  37 
 
 		 393 aa  206  9e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 405 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  35.15 
 
 		 412 aa  195  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  34.91 
 
 		 410 aa  187  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  47.34 
 
 		 426 aa  183  6e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  47.53 
 
 		 431 aa  179  7e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  50.54 
 
 		 411 aa  179  9e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  47.73 
 
 		 400 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  32.8 
 
 		 412 aa  178  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  50.56 
 
 		 387 aa  177  3e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 427 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  48.28 
 
 		 394 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  30.93 
 
 		 413 aa  173  5e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 427 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  47.73 
 
 		 425 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  46.61 
 
 		 442 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 412 aa  169  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  46.32 
 
 		 411 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 384 aa  157  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  39.78 
 
 		 414 aa  112  9e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 345 aa  111  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2153  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 443 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257798  normal  0.276429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2407  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 443 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0296488 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  35 
 
 		 346 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 467 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 419 aa  107  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 467 aa  106  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 332 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 794 aa  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 490 aa  104  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1780  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 414 aa  103  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 426 aa  104  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  34.58 
 
 		 485 aa  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  34.92 
 
 		 337 aa  103  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 527 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 490 aa  103  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  38.38 
 
 		 457 aa  102  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 355 aa  102  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  36.51 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 486 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  35.45 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 341 aa  102  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  37.84 
 
 		 457 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 467 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 450 aa  101  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 415 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  37.84 
 
 		 457 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 450 aa  101  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 381 aa  101  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  39.77 
 
 		 341 aa  100  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  35.87 
 
 		 431 aa  100  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.59 
 
 		 570 aa  100  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  30.73 
 
 		 413 aa  100  6e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 343 aa  100  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 355 aa  100  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  38.92 
 
 		 457 aa  100  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 349 aa  100  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 384 aa  100  6e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  36.07 
 
 		 328 aa  99.8  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2315  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 726 aa  99.8  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000640659 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  36.96 
 
 		 339 aa  99.8  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2243  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 726 aa  99.8  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0252509  normal  0.0700768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 485 aa  99.8  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 486 aa  99.4  9e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 486 aa  99.8  9e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 486 aa  99.8  9e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 486 aa  99.8  9e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  31.69 
 
 		 373 aa  99  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  35.36 
 
 		 422 aa  99  1e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0985  GGDEF family protein  28 
 
 		 392 aa  99.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.51 
 
 		 572 aa  99.4  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 725 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0410  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 657 aa  99  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754716 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 392 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  31.13 
 
 		 532 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.26 
 
 		 425 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.83 
 
 		 638 aa  99  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 722 aa  98.6  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  35.36 
 
 		 418 aa  98.2  2e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>