More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0325 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  100 
 
 		 394 aa  787    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 412 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  38.48 
 
 		 410 aa  200  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 439 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 411 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 411 aa  189  8e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 405 aa  189  1e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  38.59 
 
 		 417 aa  187  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  41.08 
 
 		 432 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  42.75 
 
 		 412 aa  181  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  46.73 
 
 		 396 aa  180  4e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  37.46 
 
 		 381 aa  179  8e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  44.87 
 
 		 425 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  38.58 
 
 		 427 aa  177  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  44.07 
 
 		 400 aa  176  9e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 398 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 427 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  36.14 
 
 		 431 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  46.49 
 
 		 410 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  48.94 
 
 		 411 aa  171  3e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 387 aa  171  3e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  46.23 
 
 		 426 aa  168  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  39.6 
 
 		 393 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  29.35 
 
 		 413 aa  162  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  38.55 
 
 		 412 aa  162  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 384 aa  160  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 396 aa  159  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 411 aa  159  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 442 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  33.99 
 
 		 412 aa  153  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 457 aa  122  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 696 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 405 aa  116  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 454 aa  114  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 532 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 		 288 aa  110  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 278 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 527 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.42 
 
 		 1079 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  39.33 
 
 		 461 aa  108  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.64 
 
 		 820 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.65 
 
 		 901 aa  108  1e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 494 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 298 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  39.41 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5509  GGDEF domain protein  34.43 
 
 		 351 aa  107  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 1099 aa  107  3e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 		 550 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  34.43 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  35.52 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5111  hypothetical protein  34.43 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  39.41 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 638 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 398 aa  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  34.43 
 
 		 351 aa  107  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  31.5 
 
 		 555 aa  107  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 634 aa  107  5e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 345 aa  107  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 343 aa  106  6e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5543  GGDEF domain-containing protein  34.62 
 
 		 352 aa  106  7e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  38.98 
 
 		 454 aa  106  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 536 aa  106  7e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.33 
 
 		 457 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 452 aa  106  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  41.24 
 
 		 328 aa  106  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.9 
 
 		 346 aa  106  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 494 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 452 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.81 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  37.78 
 
 		 459 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.89 
 
 		 457 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.56 
 
 		 425 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  33.33 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  37.91 
 
 		 418 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 517 aa  104  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.43 
 
 		 498 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 635 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  37.21 
 
 		 489 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 367 aa  104  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 452 aa  104  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 340 aa  104  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  38.2 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  37.5 
 
 		 457 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 392 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  30.88 
 
 		 709 aa  103  4e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  40.45 
 
 		 690 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 452 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  38.51 
 
 		 392 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  38.76 
 
 		 455 aa  104  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  38.2 
 
 		 457 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  38.2 
 
 		 457 aa  103  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.76 
 
 		 572 aa  103  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  38.25 
 
 		 649 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 307 aa  103  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 645 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 460 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 622 aa  103  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>