More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2353 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 288 aa  588  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 		 550 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  47.33 
 
 		 376 aa  132  6.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 416 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 490 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 417 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 417 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 485 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 362 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 532 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  40 
 
 		 365 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 532 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 557 aa  126  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  35.51 
 
 		 389 aa  125  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  46.15 
 
 		 520 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 532 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.9 
 
 		 640 aa  124  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 485 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.5 
 
 		 1078 aa  123  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 381 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 386 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 569 aa  123  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 492 aa  122  5e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 436 aa  122  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 493 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 386 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 384 aa  122  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 545 aa  122  9e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.67 
 
 		 493 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 493 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 441 aa  121  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 345 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 571 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  34.02 
 
 		 430 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 696 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 659 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3122  GGDEF domain-containing protein  27.91 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 566 aa  120  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  40.96 
 
 		 580 aa  120  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 578 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 611 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4204  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.1 
 
 		 771 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 1037 aa  119  3.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 490 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 485 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 485 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  29.93 
 
 		 386 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.91 
 
 		 482 aa  119  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 487 aa  119  7e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 536 aa  119  7e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 490 aa  118  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 532 aa  118  9e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.67 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  42.33 
 
 		 690 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 403 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 349 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 357 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 366 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 396 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 359 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 411 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  40.34 
 
 		 668 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 387 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.48 
 
 		 772 aa  117  1.9999999999999998e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 540 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 227 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 489 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 377 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2682  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  41.32 
 
 		 596 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 388 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.6 
 
 		 1000 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 372 aa  116  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 485 aa  116  6e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  42.77 
 
 		 353 aa  115  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 438 aa  115  6.9999999999999995e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 526 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  40.34 
 
 		 671 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 486 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 486 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 357 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 494 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 486 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 508 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  35.4 
 
 		 347 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 373 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 427 aa  115  8.999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 359 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 471 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 470 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 317 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 486 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.8 
 
 		 407 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 317 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 486 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 642 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  35.87 
 
 		 823 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>