More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0406 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  100 
 
 		 347 aa  674    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  99.42 
 
 		 359 aa  672    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2328  diguanylate cyclase  76.59 
 
 		 347 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 532 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 532 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  29.36 
 
 		 363 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.02 
 
 		 827 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  36 
 
 		 536 aa  126  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  37.11 
 
 		 476 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  47.27 
 
 		 448 aa  124  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 523 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 527 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  45.31 
 
 		 544 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 630 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.52 
 
 		 550 aa  122  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 375 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  44.72 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  27.74 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  45.51 
 
 		 375 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 578 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 425 aa  120  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  42.92 
 
 		 506 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  41.31 
 
 		 251 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 426 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  43.35 
 
 		 673 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 372 aa  119  7e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 519 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 353 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 555 aa  119  7.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2203  PAS:GGDEF  43.16 
 
 		 673 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.239318  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 403 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 631 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 359 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  44.87 
 
 		 375 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  45.91 
 
 		 908 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 452 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 476 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 710 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 476 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  37.74 
 
 		 452 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 422 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  43.69 
 
 		 506 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  46 
 
 		 508 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  43.71 
 
 		 629 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 301 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 472 aa  118  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.38 
 
 		 320 aa  118  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 557 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 452 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  45.45 
 
 		 457 aa  117  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  37.74 
 
 		 476 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 523 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 452 aa  117  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  38.39 
 
 		 818 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 554 aa  116  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  44.24 
 
 		 457 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 464 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  41.51 
 
 		 355 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  45.77 
 
 		 474 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.8 
 
 		 663 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  41.27 
 
 		 533 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 407 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  37 
 
 		 460 aa  115  1.0000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  46.79 
 
 		 646 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  38.46 
 
 		 458 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4451  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 634 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 		 550 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2092  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.83 
 
 		 545 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.403433  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.52 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  42.58 
 
 		 614 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.88 
 
 		 413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 681 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 559 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  44.24 
 
 		 457 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 627 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 351 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 339 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  35 
 
 		 324 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  31.4 
 
 		 489 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 226 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  40 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 409 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 532 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.25 
 
 		 582 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  38.31 
 
 		 1006 aa  114  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 243 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  35 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 457 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  35 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.15 
 
 		 494 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 410 aa  114  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  37.95 
 
 		 823 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>