More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2328 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2328  diguanylate cyclase  100 
 
 		 347 aa  681    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  76.59 
 
 		 347 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2060  diguanylate cyclase  76.01 
 
 		 359 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 532 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 566 aa  127  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  35.17 
 
 		 536 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  45 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  45.62 
 
 		 457 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  45.62 
 
 		 457 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 532 aa  122  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.93 
 
 		 827 aa  122  7e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.88 
 
 		 663 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.27 
 
 		 818 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 469 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.25 
 
 		 466 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  45 
 
 		 457 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.41 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.29 
 
 		 1032 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 614 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 384 aa  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 		 402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  37.25 
 
 		 533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.51 
 
 		 485 aa  117  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 460 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 640 aa  117  3e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.23 
 
 		 550 aa  117  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 426 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  45.81 
 
 		 375 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  42.11 
 
 		 973 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  37.23 
 
 		 413 aa  116  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 751 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 457 aa  116  6.9999999999999995e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 635 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.97 
 
 		 407 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.11 
 
 		 818 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  33.22 
 
 		 464 aa  115  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 631 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  40.98 
 
 		 488 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 506 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 736 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  42.94 
 
 		 585 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  45 
 
 		 375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1368  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.52 
 
 		 818 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.567434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  39.27 
 
 		 756 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 527 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  35.42 
 
 		 365 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  40.27 
 
 		 401 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 298 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  36 
 
 		 532 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  38 
 
 		 578 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 220 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 523 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 485 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 363 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 485 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 375 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 422 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 368 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 372 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  31.93 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 278 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  38.39 
 
 		 476 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 		 710 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  39.29 
 
 		 818 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.83 
 
 		 407 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 251 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  38.52 
 
 		 393 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  34.6 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  46.56 
 
 		 351 aa  113  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0859  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.71 
 
 		 809 aa  113  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.75 
 
 		 736 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 544 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 519 aa  113  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 341 aa  113  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 359 aa  113  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  39.11 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 624 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 403 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.31 
 
 		 558 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 621 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  34.8 
 
 		 280 aa  112  9e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  40.53 
 
 		 630 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 667 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 350 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 623 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  43.02 
 
 		 457 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.27 
 
 		 464 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  45 
 
 		 496 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 485 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  38.78 
 
 		 823 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 641 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>