More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2380 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  100 
 
 		 413 aa  835    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0436  membrane associated GGDEF protein  44.83 
 
 		 410 aa  355  8.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000123  GGDEF domain protein  34.91 
 
 		 412 aa  261  1e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.608204  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0493  GGDEF family protein  35.16 
 
 		 412 aa  257  3e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0380455  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05730  sensory transduction protein kinase  34.37 
 
 		 393 aa  253  6e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0840  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 411 aa  205  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3052  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 410 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0736  diguanylate cyclase  32.59 
 
 		 412 aa  196  9e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000330305  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2632  GGDEF domain-containing protein  34.12 
 
 		 411 aa  192  1e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3991  diguanylate cyclase  39.93 
 
 		 396 aa  187  3e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0186  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 398 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4080  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 439 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4000  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 426 aa  177  4e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.133602 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  42.41 
 
 		 432 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0245  GGDEF domain-containing protein  30.93 
 
 		 417 aa  173  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 405 aa  172  1e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3267  diguanylate cyclase  30.41 
 
 		 381 aa  172  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0206  GGDEF domain-containing protein  35.82 
 
 		 396 aa  167  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1377  diguanylate cyclase  36.58 
 
 		 411 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1358  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 412 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4833  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 427 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1771  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 362 aa  160  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3494  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 384 aa  159  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.316612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 411 aa  158  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0505  GGDEF domain protein  34.99 
 
 		 431 aa  157  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0399  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 427 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545966 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5168  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 442 aa  155  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0369  GGDEF domain-containing protein  42.63 
 
 		 400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0652441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0325  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 394 aa  152  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.320199  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0395  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 425 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0020  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 387 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  37.29 
 
 		 355 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 343 aa  107  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 349 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 401 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 517 aa  103  4e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1984  threonine dehydratase  35.53 
 
 		 418 aa  103  5e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.241676  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 354 aa  103  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2293  diguanylate cyclase  32.02 
 
 		 467 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000112238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 472 aa  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  28.81 
 
 		 354 aa  103  8e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  31.15 
 
 		 461 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2365  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 467 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0108211  normal  0.148457 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3487  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 345 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 631 aa  101  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 610 aa  100  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0462  3-deoxy-d-manno-octulosonic-acid transferase  32.11 
 
 		 422 aa  100  5e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2483  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 467 aa  100  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  37.04 
 
 		 414 aa  100  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0410  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 657 aa  100  7e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754716 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0443  GGDEF domain-containing protein  31.67 
 
 		 337 aa  99.8  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0613635  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  35.63 
 
 		 288 aa  99.8  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 347 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 460 aa  99  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  35.52 
 
 		 347 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 460 aa  99  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 450 aa  99  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 450 aa  99.4  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 460 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 508 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 460 aa  99  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 376 aa  98.2  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 523 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 381 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  40 
 
 		 470 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 460 aa  98.6  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 460 aa  99  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3796  GGDEF domain protein  30.89 
 
 		 355 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0128052  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0892  diguanylate cyclase  26.88 
 
 		 323 aa  97.8  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.501117 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 569 aa  98.2  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 544 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 380 aa  97.4  4e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 635 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 354 aa  97.1  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.16 
 
 		 890 aa  97.1  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 518 aa  96.7  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 501 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 566 aa  96.7  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 487 aa  97.1  6e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  39.07 
 
 		 471 aa  96.7  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.67 
 
 		 499 aa  97.1  6e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.66 
 
 		 890 aa  97.1  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 348 aa  96.7  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 368 aa  96.7  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  32.28 
 
 		 451 aa  96.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 624 aa  96.7  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 471 aa  96.3  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 343 aa  96.3  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  34.17 
 
 		 337 aa  96.3  9e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2485  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 363 aa  96.3  9e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  32.58 
 
 		 352 aa  96.3  9e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  35.52 
 
 		 307 aa  96.3  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5267  GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5094  hypothetical protein  30.8 
 
 		 351 aa  95.9  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5664  GGDEF domain-containing protein  30.8 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 342 aa  96.3  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3034  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 347 aa  95.9  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0562545  normal  0.342973 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.03 
 
 		 325 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>