More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3796 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3796  GGDEF domain protein  100 
 
 		 355 aa  727    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0128052  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1684  GGDEF  70.25 
 
 		 354 aa  479  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.419665  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4784  GGDEF domain protein  42.77 
 
 		 366 aa  255  7e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4206  GGDEF  36.19 
 
 		 361 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435696  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3452  GGDEF domain-containing protein  31.69 
 
 		 363 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.646492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2485  diguanylate cyclase  31.02 
 
 		 363 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 338 aa  106  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  28.67 
 
 		 338 aa  106  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 532 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 450 aa  104  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 450 aa  104  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.1 
 
 		 415 aa  103  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 350 aa  103  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 827 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1887  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 517 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  40 
 
 		 184 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 553 aa  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 668 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0596  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 474 aa  100  3e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000817529  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.33 
 
 		 790 aa  100  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184806 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 668 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  40.62 
 
 		 671 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.36 
 
 		 800 aa  99.4  8e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 263 aa  99.4  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 628 aa  99.4  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6817  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 309 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0436963  normal  0.457033 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 391 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.32 
 
 		 464 aa  98.2  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 368 aa  97.8  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.78 
 
 		 625 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 428 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 532 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  35.8 
 
 		 264 aa  97.8  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 398 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 341 aa  97.4  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2380  GGDEF family protein  30.89 
 
 		 413 aa  97.8  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.24 
 
 		 901 aa  97.8  3e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 522 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 668 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  36.53 
 
 		 588 aa  97.1  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 627 aa  97.1  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 565 aa  97.1  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  26.61 
 
 		 357 aa  96.7  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 353 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 775 aa  96.7  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 1477 aa  96.7  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2587  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.16 
 
 		 797 aa  96.3  6e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  36.67 
 
 		 533 aa  96.3  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0891  diguanylate cyclase  34.19 
 
 		 332 aa  96.3  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.492307 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5043  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 300 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00853617 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3145  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 349 aa  96.3  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.148849  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 532 aa  96.3  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 624 aa  95.9  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 471 aa  95.9  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.99 
 
 		 800 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 392 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  34.97 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 628 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.31 
 
 		 673 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.99 
 
 		 796 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 628 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 621 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  36.93 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  36.93 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 574 aa  95.1  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3895  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 355 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  36.93 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  36.93 
 
 		 366 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3627  diguanylate cyclase  32.08 
 
 		 526 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  38.69 
 
 		 603 aa  94.4  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 635 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0688  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 363 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.106369  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  36.93 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  36.93 
 
 		 371 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 625 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 625 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 		 796 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  36.93 
 
 		 371 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 389 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  35.26 
 
 		 301 aa  94.4  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 		 796 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  35.23 
 
 		 264 aa  94  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 578 aa  94.4  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  32.97 
 
 		 476 aa  94.4  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 323 aa  94.4  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 391 aa  94  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 391 aa  94  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2288  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 358 aa  94.4  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 408 aa  94.4  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1232  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 726 aa  94  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17145  normal  0.473143 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 389 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 389 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>