More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0892 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  100 
 
 		 553 aa  1066    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 517 aa  265  1e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1610  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 509 aa  200  6e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  unclonable  0.000010044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.23 
 
 		 628 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 494 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  47.73 
 
 		 758 aa  149  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.57 
 
 		 1079 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.16 
 
 		 663 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 494 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  47.02 
 
 		 378 aa  147  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.75 
 
 		 622 aa  145  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  43.38 
 
 		 530 aa  144  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 578 aa  144  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 578 aa  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 483 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.56 
 
 		 668 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 523 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 583 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 1099 aa  142  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  42.41 
 
 		 323 aa  141  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 608 aa  141  3e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.11 
 
 		 668 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 351 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 304 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  43.75 
 
 		 709 aa  140  6e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  43.75 
 
 		 609 aa  140  7e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  49.01 
 
 		 343 aa  140  7e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  44.51 
 
 		 320 aa  140  7.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.08 
 
 		 686 aa  140  7.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  44.39 
 
 		 448 aa  139  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 353 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.78 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.96 
 
 		 353 aa  139  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 394 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 764 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 642 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  45.6 
 
 		 649 aa  138  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  49.7 
 
 		 584 aa  137  4e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.13 
 
 		 664 aa  137  4e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.62 
 
 		 360 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.31 
 
 		 558 aa  137  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 556 aa  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 764 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 764 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  42.17 
 
 		 325 aa  137  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 353 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  40.62 
 
 		 563 aa  137  6.0000000000000005e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 578 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  44.94 
 
 		 836 aa  137  7.000000000000001e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 300 aa  136  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 405 aa  136  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  44.94 
 
 		 792 aa  136  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  36.28 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 512 aa  136  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.94 
 
 		 841 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  40.17 
 
 		 646 aa  136  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 278 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.12 
 
 		 564 aa  135  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 316 aa  135  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 369 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  45.4 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 319 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 866 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 356 aa  135  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  39.81 
 
 		 347 aa  135  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 341 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 498 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 381 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 351 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 574 aa  134  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 471 aa  134  6e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  39.06 
 
 		 583 aa  134  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 381 aa  134  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.43 
 
 		 710 aa  134  6e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 559 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  48.19 
 
 		 529 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.2 
 
 		 728 aa  133  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4041  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 282 aa  133  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649407 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 1826 aa  133  6.999999999999999e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  45.03 
 
 		 1644 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 574 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 341 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 533 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 681 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 516 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  49.06 
 
 		 339 aa  133  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  41.9 
 
 		 528 aa  133  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  44.24 
 
 		 509 aa  133  9e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 503 aa  133  9e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 243 aa  133  9e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 420 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 454 aa  132  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>