More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6817 on replicon NC_012858
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012858  Rleg_6817  diguanylate cyclase  100 
 
 		 309 aa  641    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0436963  normal  0.457033 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6404  diguanylate cyclase  78.86 
 
 		 298 aa  497  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3145  diguanylate cyclase  53.22 
 
 		 349 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.148849  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  51.54 
 
 		 316 aa  305  5.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  44.22 
 
 		 428 aa  263  3e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4018  diguanylate cyclase  42.72 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  38.7 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.55 
 
 		 343 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.23 
 
 		 346 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.23 
 
 		 345 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2345  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.01 
 
 		 346 aa  161  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.184389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 312 aa  152  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 772 aa  134  1.9999999999999998e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 		 901 aa  127  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.91 
 
 		 686 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 559 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.4 
 
 		 422 aa  126  6e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.71 
 
 		 646 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 381 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.75 
 
 		 610 aa  121  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 454 aa  121  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  41.24 
 
 		 381 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 469 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  32.59 
 
 		 796 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 382 aa  119  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.84 
 
 		 312 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 424 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  40 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  30.89 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  40.76 
 
 		 604 aa  117  3e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  40.7 
 
 		 454 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 378 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  35.84 
 
 		 340 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.38 
 
 		 730 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 491 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.79 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 775 aa  115  7.999999999999999e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.27 
 
 		 324 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0294  diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 504 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166805  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.99 
 
 		 423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 628 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  42.26 
 
 		 671 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 917 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  35.86 
 
 		 455 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 559 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 659 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  33.67 
 
 		 457 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.14 
 
 		 628 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 614 aa  114  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.27 
 
 		 312 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 1004 aa  113  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 387 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  34.92 
 
 		 626 aa  113  4.0000000000000004e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.94 
 
 		 794 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  33.86 
 
 		 292 aa  113  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 382 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.77 
 
 		 796 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1023  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40.88 
 
 		 1104 aa  112  7.000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0903314  normal  0.811378 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 381 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 497 aa  112  9e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.77 
 
 		 800 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 612 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.87 
 
 		 801 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  40.72 
 
 		 668 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6413  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.96 
 
 		 508 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.905746 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 401 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 628 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.77 
 
 		 796 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  39.46 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 328 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  43.04 
 
 		 551 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 627 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 		 796 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.1 
 
 		 789 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 620 aa  110  3e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 373 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.74 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.43 
 
 		 827 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 331 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 632 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 370 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>