More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3145 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3145  diguanylate cyclase  100 
 
 		 349 aa  702    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.148849  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6404  diguanylate cyclase  54.58 
 
 		 298 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6817  diguanylate cyclase  53.22 
 
 		 309 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0436963  normal  0.457033 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  50.85 
 
 		 316 aa  288  8e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  42.72 
 
 		 428 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4018  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 311 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  37.41 
 
 		 316 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.73 
 
 		 343 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.59 
 
 		 346 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.59 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2345  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32 
 
 		 346 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.184389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 380 aa  119  9e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.71 
 
 		 628 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  42.44 
 
 		 400 aa  116  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.65 
 
 		 800 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.65 
 
 		 796 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 202 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 612 aa  114  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 796 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 1004 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  30.84 
 
 		 458 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 316 aa  114  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  30.57 
 
 		 458 aa  113  5e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.65 
 
 		 796 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.8 
 
 		 424 aa  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  39 
 
 		 370 aa  112  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.1 
 
 		 642 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.2 
 
 		 425 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 628 aa  112  9e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  35 
 
 		 775 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  40.23 
 
 		 391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  38.15 
 
 		 461 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  38.15 
 
 		 456 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 382 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  40.46 
 
 		 455 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.72 
 
 		 457 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 387 aa  110  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 459 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  33.45 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.31 
 
 		 457 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.64 
 
 		 493 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  44.52 
 
 		 385 aa  110  5e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.49 
 
 		 469 aa  109  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  40.26 
 
 		 346 aa  109  7.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 454 aa  109  7.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.03 
 
 		 646 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 493 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  39.53 
 
 		 457 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  39.29 
 
 		 796 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 432 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 331 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 355 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 355 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  40.22 
 
 		 542 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1813  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 542 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 312 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 636 aa  107  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.52 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  41.36 
 
 		 1477 aa  107  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 355 aa  107  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  40.57 
 
 		 542 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 493 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 373 aa  106  6e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 353 aa  106  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 659 aa  106  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  40.12 
 
 		 454 aa  106  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.25 
 
 		 827 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 621 aa  105  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  40.65 
 
 		 381 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  34 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  35.62 
 
 		 364 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 		 730 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  35.79 
 
 		 626 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.93 
 
 		 772 aa  104  2e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 432 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 686 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.37 
 
 		 423 aa  104  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  41.4 
 
 		 513 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 457 aa  105  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 490 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 540 aa  105  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 388 aa  103  3e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2096  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 584 aa  104  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 422 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.23 
 
 		 326 aa  104  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.35 
 
 		 301 aa  104  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.83 
 
 		 791 aa  103  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 419 aa  104  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.17 
 
 		 463 aa  104  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 508 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  40.76 
 
 		 628 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 381 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>