More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_2884 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  100 
 
 		 316 aa  635    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6404  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6817  diguanylate cyclase  38.7 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0436963  normal  0.457033 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 316 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3145  diguanylate cyclase  37.41 
 
 		 349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.148849  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.65 
 
 		 343 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.65 
 
 		 346 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.33 
 
 		 345 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2345  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.65 
 
 		 346 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.184389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4018  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 428 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 632 aa  138  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 355 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  38.73 
 
 		 355 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 355 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 628 aa  136  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 634 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  44.38 
 
 		 525 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45 
 
 		 525 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 422 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.98 
 
 		 728 aa  132  9e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 355 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  42.69 
 
 		 461 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 507 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 352 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 496 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 507 aa  130  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.88 
 
 		 319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 405 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 512 aa  129  6e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 569 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  42.16 
 
 		 412 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 370 aa  129  9.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  40.88 
 
 		 459 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 542 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.94 
 
 		 594 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 457 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.79 
 
 		 722 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.4 
 
 		 324 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 1004 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.2 
 
 		 413 aa  126  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 377 aa  126  5e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 520 aa  125  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 559 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 454 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  30.94 
 
 		 425 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1174  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 274 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  38.69 
 
 		 322 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 571 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  43.4 
 
 		 435 aa  125  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 411 aa  125  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  37.86 
 
 		 455 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 497 aa  125  1e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 516 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 380 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 409 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 361 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 		 710 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 521 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 448 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 448 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 827 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  30.88 
 
 		 418 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.13 
 
 		 548 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1528  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 321 aa  124  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 470 aa  124  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 471 aa  124  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 471 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 464 aa  123  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  37.23 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.99 
 
 		 675 aa  123  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 381 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 351 aa  123  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.77 
 
 		 901 aa  123  4e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 381 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  36.2 
 
 		 466 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 280 aa  123  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 395 aa  122  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 354 aa  122  7e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 220 aa  122  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.76 
 
 		 586 aa  122  8e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 382 aa  122  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 491 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 395 aa  122  9e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1744  metal-binding diguanylate cyclase domain-containing protein  39.87 
 
 		 368 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 572 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 382 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 569 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 686 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  40 
 
 		 461 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  40 
 
 		 456 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 		 610 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 661 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  35.44 
 
 		 457 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>