More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2687 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  100 
 
 		 316 aa  652    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6404  diguanylate cyclase  53.1 
 
 		 298 aa  321  9.000000000000001e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6817  diguanylate cyclase  51.54 
 
 		 309 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0436963  normal  0.457033 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3145  diguanylate cyclase  50.85 
 
 		 349 aa  288  7e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.148849  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  47.1 
 
 		 428 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4018  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 311 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 316 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2130  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.32 
 
 		 343 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2118  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.68 
 
 		 346 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2229  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.68 
 
 		 345 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.186018  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2345  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.45 
 
 		 346 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.184389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  37.7 
 
 		 275 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  39.11 
 
 		 235 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 554 aa  129  6e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  36.44 
 
 		 377 aa  129  6e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 414 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 380 aa  122  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 518 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 714 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 382 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 628 aa  119  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 715 aa  119  9e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 775 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 800 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 463 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.64 
 
 		 464 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 555 aa  117  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.89 
 
 		 796 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 422 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  34.43 
 
 		 349 aa  116  5e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 381 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 385 aa  116  5e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  35.94 
 
 		 661 aa  116  6e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  40 
 
 		 355 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  35.89 
 
 		 474 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 628 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 627 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.14 
 
 		 642 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  37.2 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 		 772 aa  114  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 1004 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 354 aa  113  3e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 514 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 360 aa  112  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.33 
 
 		 796 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  38.75 
 
 		 634 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  33.33 
 
 		 1346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.24 
 
 		 628 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.63 
 
 		 458 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  37.5 
 
 		 340 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  36.68 
 
 		 492 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 424 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  44 
 
 		 538 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 461 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3605  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.14 
 
 		 610 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.150413  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4554  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.34 
 
 		 331 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.43 
 
 		 610 aa  110  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 796 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 387 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  40.24 
 
 		 518 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 373 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 594 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 518 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  34.2 
 
 		 712 aa  110  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 794 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  34.86 
 
 		 458 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 459 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 530 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  37.8 
 
 		 518 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  39.13 
 
 		 460 aa  109  5e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  32.55 
 
 		 323 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1900  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 405 aa  109  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.56282  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 536 aa  109  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  38.19 
 
 		 671 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 351 aa  109  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  36.61 
 
 		 323 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 470 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 518 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.37 
 
 		 1015 aa  109  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 		 469 aa  109  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.27 
 
 		 730 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 454 aa  108  8.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  37.36 
 
 		 796 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  37.29 
 
 		 457 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 620 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 611 aa  108  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  40 
 
 		 381 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 794 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 317 aa  108  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>