More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1900 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1900  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
405 aa  828    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.56282  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.35 
 
 
457 aa  147  3e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  35.37 
 
 
632 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.64 
 
 
419 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  30.9 
 
 
437 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.15 
 
 
827 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.83 
 
 
572 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  29.01 
 
 
548 aa  130  5.0000000000000004e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.95 
 
 
769 aa  127  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.11 
 
 
928 aa  125  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.8 
 
 
610 aa  124  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.88 
 
 
550 aa  123  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.59 
 
 
791 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.21 
 
 
424 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 
772 aa  122  8e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  34.38 
 
 
611 aa  122  9e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  41.1 
 
 
431 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.26 
 
 
843 aa  120  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0547  sensory box protein  24.94 
 
 
1214 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.428302  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.41 
 
 
441 aa  120  3.9999999999999996e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.74 
 
 
316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3664  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.81 
 
 
759 aa  120  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1907  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.02 
 
 
1013 aa  120  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.527158  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  25.42 
 
 
425 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  35.27 
 
 
237 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  33.62 
 
 
398 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.51 
 
 
730 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.38 
 
 
317 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.38 
 
 
317 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  28.15 
 
 
768 aa  117  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
307 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.31 
 
 
316 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  34.27 
 
 
345 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.49 
 
 
1015 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.01 
 
 
620 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  28.66 
 
 
1037 aa  116  6.9999999999999995e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.79 
 
 
951 aa  116  7.999999999999999e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.66 
 
 
686 aa  116  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.37 
 
 
1338 aa  116  8.999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0184  PAS/GGDEF domain-containing protein  27.82 
 
 
684 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  40 
 
 
397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  37.14 
 
 
321 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  39.05 
 
 
172 aa  114  3e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.84 
 
 
416 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  31.46 
 
 
350 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  40.7 
 
 
231 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  41.1 
 
 
689 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  23.56 
 
 
418 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
492 aa  113  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  38.59 
 
 
243 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  39.05 
 
 
259 aa  112  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  34.29 
 
 
650 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  31.11 
 
 
459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
680 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.04 
 
 
646 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  28.36 
 
 
420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.64 
 
 
317 aa  112  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.56 
 
 
438 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2091  diguanylate cyclase  36.87 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  37.43 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  37.79 
 
 
628 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002693  putative GGDEF family protein  37.13 
 
 
306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.78 
 
 
505 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.12 
 
 
685 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  36.42 
 
 
336 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  34.3 
 
 
417 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.08 
 
 
416 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
559 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3055  sensory box-containing protein  24.05 
 
 
847 aa  111  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  36.19 
 
 
320 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0431  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.74 
 
 
1494 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0710833  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.74 
 
 
1466 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.872186 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  29.56 
 
 
715 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2296  GGDEF domain-containing protein  29.37 
 
 
529 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.41 
 
 
1017 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  38.85 
 
 
794 aa  110  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  34.83 
 
 
410 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.88 
 
 
448 aa  110  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  37.87 
 
 
316 aa  109  7.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  39.49 
 
 
345 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.57 
 
 
432 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  37.85 
 
 
628 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.77 
 
 
334 aa  109  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  42.04 
 
 
587 aa  109  8.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  36.78 
 
 
301 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  41.61 
 
 
415 aa  109  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  42.38 
 
 
384 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
460 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
496 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
389 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.92 
 
 
1497 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  36.02 
 
 
432 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
316 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.92 
 
 
1490 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.982948  hitchhiker  0.0000000550616 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  37.2 
 
 
369 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1435  diguanylate cyclase  37.04 
 
 
247 aa  108  2e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.674254  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.43 
 
 
958 aa  108  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.25 
 
 
1774 aa  108  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>