More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2485 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3452  GGDEF domain-containing protein  83.75 
 
 		 363 aa  647    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.646492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2485  diguanylate cyclase  100 
 
 		 363 aa  743    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120562  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4784  GGDEF domain protein  30.53 
 
 		 366 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3796  GGDEF domain protein  31.02 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0128052  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 402 aa  116  5e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1684  GGDEF  30.43 
 
 		 354 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.419665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 602 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 530 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.37 
 
 		 777 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.36 
 
 		 772 aa  110  3e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 354 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 384 aa  108  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  35.36 
 
 		 518 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  44.1 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  39.29 
 
 		 476 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.52 
 
 		 790 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  36 
 
 		 518 aa  106  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0266  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 942 aa  106  8e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  39.51 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 514 aa  105  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  41.01 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 559 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 381 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 518 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  36.2 
 
 		 424 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.42 
 
 		 419 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1289  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  39.26 
 
 		 518 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 393 aa  104  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 518 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 490 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 		 518 aa  103  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2983  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.971314  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 497 aa  103  5e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0077  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 411 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.978885  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 397 aa  102  8e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 518 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 518 aa  102  8e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 518 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 518 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 357 aa  102  9e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 452 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 452 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 452 aa  102  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 477 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 476 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 621 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2179  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 477 aa  102  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000210421  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 476 aa  102  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4080  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  40.45 
 
 		 452 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  40.85 
 
 		 327 aa  102  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 451 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 518 aa  101  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 555 aa  101  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 632 aa  102  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 518 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 387 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 		 728 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 518 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 490 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  34.41 
 
 		 568 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 443 aa  100  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 532 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1703  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 405 aa  100  3e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00246889  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 610 aa  100  3e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 631 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  38.2 
 
 		 353 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 508 aa  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  37.99 
 
 		 385 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1809  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 391 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.271583  hitchhiker  0.00508351 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  34.29 
 
 		 518 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 432 aa  100  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  40 
 
 		 393 aa  100  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 398 aa  100  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 466 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  34.17 
 
 		 456 aa  100  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  38.96 
 
 		 363 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 184 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1757  GGDEF domain-containing protein  39.76 
 
 		 418 aa  99.8  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.463116  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  33.74 
 
 		 415 aa  99.8  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4206  GGDEF  30.99 
 
 		 361 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  36.05 
 
 		 649 aa  99.8  7e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38420  GGDEF Response Regulator  38.51 
 
 		 381 aa  99.8  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2328  diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 347 aa  99.8  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108958  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 490 aa  99.8  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 298 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 623 aa  99.4  8e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2972  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 291 aa  99.4  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.672881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 377 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>