More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5831 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.62 
 
 
780 aa  1060    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
777 aa  1562    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  88.8 
 
 
790 aa  1357    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  36.46 
 
 
428 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  36.46 
 
 
428 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  36.46 
 
 
428 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  36.46 
 
 
428 aa  231  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  36.15 
 
 
424 aa  231  4e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  35.4 
 
 
464 aa  227  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  32.42 
 
 
428 aa  227  7e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  35.95 
 
 
428 aa  227  7e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  35.4 
 
 
515 aa  227  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
425 aa  226  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  35.4 
 
 
464 aa  226  1e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  35.95 
 
 
428 aa  226  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  33.5 
 
 
441 aa  225  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  35.11 
 
 
422 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  34.64 
 
 
429 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  35.09 
 
 
423 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  34.46 
 
 
436 aa  219  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  34.68 
 
 
419 aa  218  5e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  34.63 
 
 
436 aa  215  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  33.92 
 
 
428 aa  213  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
424 aa  213  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
429 aa  207  7e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  33.76 
 
 
424 aa  206  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  33.76 
 
 
422 aa  206  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  33.76 
 
 
422 aa  206  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  34.02 
 
 
424 aa  206  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  33.5 
 
 
422 aa  204  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  33.5 
 
 
422 aa  204  5e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  33.5 
 
 
424 aa  204  6e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  33.25 
 
 
424 aa  203  8e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  33.25 
 
 
424 aa  203  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  32.48 
 
 
424 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  32.48 
 
 
424 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  32.99 
 
 
424 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  32.99 
 
 
424 aa  201  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  32.99 
 
 
424 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  30.81 
 
 
427 aa  200  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
426 aa  194  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  34.2 
 
 
446 aa  192  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  34.41 
 
 
426 aa  191  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  34.2 
 
 
440 aa  188  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  32.66 
 
 
426 aa  188  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.65 
 
 
868 aa  186  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  32.93 
 
 
427 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  31.41 
 
 
447 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  32.68 
 
 
403 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  33.09 
 
 
403 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  31.14 
 
 
424 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  31.38 
 
 
426 aa  184  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  31.38 
 
 
426 aa  184  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  32.19 
 
 
423 aa  180  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  32.43 
 
 
427 aa  179  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  31.93 
 
 
411 aa  176  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  31.46 
 
 
421 aa  172  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.71 
 
 
790 aa  169  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184806 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  32.29 
 
 
1278 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2963  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.73 
 
 
1251 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.246733 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5479  sensory box/GGDEF family protein  29 
 
 
892 aa  166  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1659  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.56 
 
 
833 aa  165  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0467119  normal  0.0611646 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.66 
 
 
1158 aa  165  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.86 
 
 
862 aa  165  4.0000000000000004e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1232  diguanylate cyclase  33.41 
 
 
726 aa  164  5.0000000000000005e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.17145  normal  0.473143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.63 
 
 
833 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5048  sensory box/GGDEF family protein  28.66 
 
 
892 aa  164  6e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5032  hypothetical protein  28.57 
 
 
892 aa  163  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5527  sensory box/GGDEF family protein  28.93 
 
 
604 aa  163  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  29.8 
 
 
873 aa  162  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4265  PAS:GGDEF  31.61 
 
 
1278 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.77 
 
 
833 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5441  sensory box/GGDEF family protein  29.07 
 
 
735 aa  162  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.49 
 
 
855 aa  162  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.98 
 
 
1093 aa  162  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.49 
 
 
832 aa  161  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425647  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.44 
 
 
1413 aa  161  5e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5197  sensory box/GGDEF family protein  28.37 
 
 
892 aa  161  6e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619616  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4784  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.85 
 
 
785 aa  160  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5593  sensory box/GGDEF family protein  28.37 
 
 
892 aa  161  6e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.11 
 
 
611 aa  160  7e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.79 
 
 
665 aa  160  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.61 
 
 
648 aa  160  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.92 
 
 
860 aa  159  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.742202  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.07 
 
 
876 aa  159  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  27.88 
 
 
413 aa  158  3e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  31.54 
 
 
799 aa  158  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.09 
 
 
782 aa  158  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  30.89 
 
 
414 aa  158  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.85 
 
 
1282 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  31.83 
 
 
1276 aa  157  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.83 
 
 
1276 aa  157  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0660  triosephosphate isomerase  30.34 
 
 
855 aa  157  8e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146295  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2725  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.9 
 
 
717 aa  157  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.172089 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.83 
 
 
1276 aa  157  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1586  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.4 
 
 
781 aa  157  9e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.4 
 
 
781 aa  157  9e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1640  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.4 
 
 
781 aa  157  9e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.27346  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
709 aa  156  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.63 
 
 
1047 aa  156  1e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.122124  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>