More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4784 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4784  GGDEF domain protein  100 
 
 		 366 aa  751    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3796  GGDEF domain protein  42.77 
 
 		 355 aa  255  8e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0128052  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1684  GGDEF  40.9 
 
 		 354 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.419665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4206  GGDEF  30.36 
 
 		 361 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.435696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2485  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 363 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120562  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3452  GGDEF domain-containing protein  28.17 
 
 		 363 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.646492 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 413 aa  116  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.35 
 
 		 777 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.61 
 
 		 625 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  34.97 
 
 		 476 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.99 
 
 		 780 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2420  diguanylate cyclase  31.84 
 
 		 532 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.499921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 554 aa  103  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 627 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.03 
 
 		 790 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 349 aa  101  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2723  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 627 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000220491  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  35.91 
 
 		 385 aa  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0782  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 450 aa  101  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000969424  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 450 aa  101  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000908772  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 602 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 		 464 aa  100  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 359 aa  100  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0081  response regulator/GGDEF domain-containing protein  35.63 
 
 		 419 aa  99  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.89 
 
 		 893 aa  98.6  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.955306  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0147  membrane associated GGDEF protein  34.81 
 
 		 487 aa  99  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1978  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 298 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.148602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  40.96 
 
 		 323 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 496 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 602 aa  98.6  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1080  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 356 aa  97.8  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2230  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 215 aa  98.2  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0737618  normal  0.167136 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  40.96 
 
 		 323 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  27.54 
 
 		 377 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 474 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 375 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  31.65 
 
 		 261 aa  97.4  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  37.29 
 
 		 375 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 281 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2255  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 298 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6404  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 298 aa  97.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.57 
 
 		 587 aa  96.7  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  28.89 
 
 		 435 aa  96.3  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  35.56 
 
 		 424 aa  96.3  7e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 385 aa  96.3  8e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2233  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 390 aa  95.9  9e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.878292 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 385 aa  95.9  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 355 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 350 aa  95.5  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 650 aa  95.5  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 384 aa  95.9  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.77 
 
 		 441 aa  94.7  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 264 aa  94.7  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1022  GGDEF domain-containing protein  33.51 
 
 		 264 aa  94.7  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.219718  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.72 
 
 		 738 aa  94.7  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 385 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0596  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 474 aa  94.7  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000817529  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 323 aa  95.1  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2144  diguanylate cyclase  32.8 
 
 		 263 aa  95.1  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  35.39 
 
 		 375 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0659  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 417 aa  94.4  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0149639  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 611 aa  94.4  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 627 aa  94.4  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2855  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.47 
 
 		 415 aa  94.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.220747  hitchhiker  0.000676798 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 516 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1998  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 391 aa  94  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0959773 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1933  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 298 aa  94  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.964426  normal  0.0629546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  33.95 
 
 		 628 aa  94  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 587 aa  94  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5670  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 393 aa  94  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.598919 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  30 
 
 		 508 aa  94  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 408 aa  94  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  29.56 
 
 		 381 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 381 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 506 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  33.92 
 
 		 553 aa  93.6  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 464 aa  93.6  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  31.96 
 
 		 496 aa  93.6  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1122  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.5 
 
 		 790 aa  93.2  6e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184806 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.85 
 
 		 415 aa  93.2  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 395 aa  93.6  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0716  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 619 aa  92.8  7e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.69 
 
 		 765 aa  93.2  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 370 aa  92.8  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0023  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 584 aa  92.8  8e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0108472 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.55 
 
 		 1101 aa  92.8  8e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5528  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 184 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.75 
 
 		 1015 aa  92.8  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 618 aa  92.8  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 401 aa  92.8  9e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2290  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.17 
 
 		 975 aa  92.4  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 381 aa  92  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0513  GGDEF domain-containing protein  38.01 
 
 		 426 aa  92.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.09 
 
 		 730 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0437  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.36 
 
 		 659 aa  92.4  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 422 aa  92  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 432 aa  92.4  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>