More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1080 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1080  diguanylate cyclase  100 
 
 		 356 aa  707    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3676  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 371 aa  117  3e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000048428  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 482 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 482 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 388 aa  113  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 483 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 585 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 480 aa  110  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0351  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 374 aa  109  9.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  30.74 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  35.6 
 
 		 585 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 384 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  39.76 
 
 		 443 aa  105  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 402 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4941  sensory box protein  34.55 
 
 		 633 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 532 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2643  diguanylate cyclase  34.25 
 
 		 470 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5649  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.222886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 469 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 401 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5270  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5359  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.43 
 
 		 496 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  34.43 
 
 		 489 aa  103  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0536  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 604 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000248515  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0023  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 584 aa  103  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0108472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  32.97 
 
 		 388 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 532 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  27.86 
 
 		 489 aa  103  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0356  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 370 aa  103  5e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.174511  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0345  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 361 aa  103  5e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0366  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 361 aa  103  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2608  GGDEF domain-containing protein  37.78 
 
 		 524 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0201696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 384 aa  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 314 aa  102  7e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5498  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 371 aa  102  8e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.260434  normal  0.0817101 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 570 aa  102  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  37.27 
 
 		 819 aa  102  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 587 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 632 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2385  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 362 aa  101  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626744 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05578  hypothetical protein  39.46 
 
 		 650 aa  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 417 aa  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.76 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  28.61 
 
 		 396 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 417 aa  100  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 501 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 420 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 550 aa  100  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4832  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.65 
 
 		 708 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 513 aa  101  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 517 aa  100  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  39.29 
 
 		 533 aa  100  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 385 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 247 aa  100  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 425 aa  99.8  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 409 aa  100  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 569 aa  100  6e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 411 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0116  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 382 aa  99.8  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 523 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 363 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 383 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4959  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.65 
 
 		 708 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.714982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1246  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 440 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 220 aa  99.4  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  33.9 
 
 		 385 aa  98.6  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6750  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 370 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.795735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  36.2 
 
 		 458 aa  99  1e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3566  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 460 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000340192  normal  0.133927 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  35.16 
 
 		 572 aa  99  1e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  35.75 
 
 		 458 aa  99  1e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 409 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 603 aa  99  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  31.32 
 
 		 488 aa  99  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 373 aa  99  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 373 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2459  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.685644  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4784  GGDEF domain protein  31.12 
 
 		 366 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1243  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 510 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 566 aa  97.8  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.81 
 
 		 345 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  31.89 
 
 		 569 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 408 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  29.11 
 
 		 611 aa  98.2  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  34.25 
 
 		 518 aa  98.2  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 582 aa  98.2  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 405 aa  97.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 722 aa  98.2  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.97 
 
 		 367 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  36.63 
 
 		 385 aa  98.2  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6542  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 438 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.283936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 355 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 372 aa  97.4  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 384 aa  97.4  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6345  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 506 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 464 aa  97.4  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>